前回は３種類のファイルを作成しました。
ファイル名は
PEDファイル ：study1.ped
MAPファイル ：study1.map
Phenotypeファイル ：qt.phe
ということで説明していきます。
ある遺伝子型と臨床情報の関係を調べるため、
PLINKでQTL解析を行っていきます。
Linuxを使用して、コマンドラインで行います。
１．PEDファイルとMAPファイルから、binary PEDファイルを作成します。
plink --file study1 --make-bed --out study1
２．QTL解析を行います。
plink --bfile study1 --assoc --pheno qt.phe --out quant1
quant1.qassocというファイルが出来上がります。
カラム数は９つで
Chr Chromosome number
SNP SNP identifier
BP Physical position (base-pair)
NMISS Number of non-missing genotypes
BETA Regression coefficient
SE Standard error
R2 Regression r-squared
T Wald test (based on t-distribtion)
P Wald test asymptotic p-value
です。
いくつかの臨床情報と比較したい場合には、
Phenotypeファイルをその数だけ作る必要があるのでちょっと不便です。
社内では、Perlでプログラミングすることで複数のPhenotypeファイルに対応させています。
明日はPLINKの使い方を紹介したいと思います。
【参考】
・PLINK
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/index.shtml
