弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が
ご好評をいただいております。
たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。
ありがとうございます。
ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲノムのドラフト配列が決まった2000年ごろから特に必要性が高まっています。
全ゲノム領域を対象とした研究・解析が進展し、ゲノムのアノテーションが充実してきている今日では、その重要性は益々高まるばかりです。
そうした背景があるため、UCSCが公開している「Genome Browser」は多くの研究者の支持を集めて、業界標準ビューアーの一つになっています。
他にも、遺伝子発現を測定するマイクロアレイチップで有名なAffymetrix社が自社チップのユーザー向けに提供し始め、今ではオープンソースになっているIGBが、以前からのユーザーの根強い支持を集めています。
最近では、Broad Instituteが公開するIGVにも注目が集まり、幅広い入力ファイル形式に対応することで、支持を集めています。
サーバー組み込み用途では、GBrowseやJBrowseなどのオープンソースが存在し、メジャー・マイナー・特定用途など多くの種類のゲノムブラウザが世に出ています。
商用ソフトも多く、オープンソースには無い機能を追加するなど、各社がしのぎを削っているのが現状です。
弊社としては、オープンソースのビューアーを第一候補としてお客様（メインは公的研究機関の研究者）にご提案していますが、用途に応じて研究室内でのサーバー構築や、商用ソフトのご紹介をさせていただいております。
今回のブログ記事が、少しでもみなさまのお役に立てましたら幸いです。
