speciesデータ(5列目)ごとに、記号の形と色を変えます。
次に、関数legendで凡例を書き加えます。
# 読込
data(iris)
# 散布図
png("110112_iris.png", height=600, width=400)
plot(iris[,1], iris[,3], xlab="iris[,1]", ylab="iris[,3]", pch=(15:17)[unclass(iris[,5])], col=rainbow(3)[unclass(iris[,5])], cex=1.5)
# 凡例
legend(6.5, 2.5, levels(iris[,5]), pch=15:17, col=rainbow(3), cex=1.4)
dev.off()