先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトMerlinについて記述致しました
(こちらに関する記事はコチラ)。
MerlinではInput ファイルとしてpedファイル、datファイル、mapファイルが必要です。
本日は、pedファイルのファイル形式を記述致します。
■pedファイル（pedigreeファイル）
pedファイルでは、1検体（サンプル）の情報を1行で表します。
基本構成は下記の5列です。
1列目：a family ID（家系の識別名）
2列目：an individual ID（個々のサンプルID）
3列目：a link to Father ID (if available)
（父親がサンプル内にある場合は父親のindividual IDを記述）
4列目：a link to Mother ID (if available)
（母親がサンプル内にある場合は母親のindividual IDを記述）
5列目：an individual's sex.
（個々のサンプルの性別、1=male, 2=female, 0=unknown）
基本構成以降の記述の順番は、比較的自由です（記載の順番は、datファイルに反映されますが、こちらに関しては、次回記述します）。
今回は、Merlinのtutorialに従って記述します。
6列目：an affection status
(1=unaffecteds, 2=affecteds, 0=missing)
7列目：quantitative trait
(量的形質)
8列目以降：各アレルに対するgenotype
詳細はコチラ！
次回は、datファイルおよびmapファイルに関して記述します。
