先日、連鎖解析ツールソフトMerlinのInput ファイルの一つであるpedファイルに関して記述致しました（詳細はコチラ）。
本日は、datファイルとmapファイルのファイル形式を記述致します。
■datファイル（Describing the pedigree file）
datファイルは、pedファイルの基本構成以降（6列目以降）が何を表すのかという情報を記載するファイルです。
例えば、先日のブログに記載した順で行くと、基本構成以降は、下記のようになります。
6列目： affection情報
7列目： 量的形質情報
8列目： SNP1に対するgenotype
9列目： SNP2に対するgenotype
・・・・
datファイルでは、上記の情報をエンコードを用いて表します。
まずdatファイルのエンコードを下記に記します。
M： SNP位置およびSNP名（マーカー）
A： 疾患の状態
T： 量的形質
C： 共変量
datファイルの構成は、pedファイルの6列目から順に
“エンコード 名前”
という風に、行で区切って記載していきます。
つまり上記のpedファイル情報からdatファイルを作成すると・・・
A AFFECTION (ここは自由にaffection名を記入してください)
T trait
M SNP1
M SNP2
・・・
となります！
■mapファイル
続いてmapファイルです。
Mapファイルは、datファイルに記載したSNP1の位置が記載されているファイルです。
ファイル構成は下記に記します。
1列目： 染色体番号
2列目： datファイルで記載したSNP名
3列目： 2列目のSNPの位置（単位はセンチモルガンで！）
です！
詳細はコチラ！
