vcfファイル

samtoolsは、次世代シーケンサデータ解析において、多型を抽出するツールとして広く使用されています。

このsamtoolsで抽出された多型情報は、“vcfファイル”のファイル形式で算出されます。

WETな先生方からよくお聞きする声の中に、

「このvcfファイルの中身がわかりずらい」

という意見がよくあります。

下図がvcfファイルの中身です


多くの情報が入っているため、一見ごちゃごちゃしているように見えますね。

ですので今週は、vcfファイルの中身について記載していこうかと思っています。