tokunagaです。
今回は、遺伝子発現変動を網羅的に調べたいときに使われているmicroarrayのデータ解析について流れを簡単にご紹介します。
生データ
発光強度をスキャナーの画像から数値化する
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バックグラウンド補正
出力された時点で補正されている場合もある
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正規化
サンプル別のバラつきを揃える
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フィルタリングによる絞込み
群間の有意差、p-value、FC、シグナル強度etc.の情報を基に絞り込む
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クラスタリング、ヒートマップ作成
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アノーテーション付け
遺伝子、GO etc.の情報を付与する
後半は目的によって変化してくると思います。
今はRのパッケージが色々とそろっているようですね！
