akbです。
本日は、DNAメチル化解析について説明したいと思います。
DNAメチル化解析の実験段階では、よくバイサルファイトと呼ばれる処理が用いられます。
バイサルファイト処理とは、メチル化されていないシトシン（非メチル化C）をウラシル(U)に変換する処理のことです。
この時、メチル化シトシンはシトシンとして残留しますので、バイサルファイト処理前とバイサルファイト処理後を比較解析することで、
シトシンのメチル化を1塩基レベルで判定することができます。
バイサルファイト後にPCRでシーケンスリードを増やすため、実際にはC→T(C→U→T)とreverse鎖のG→Aという置換がおきます。
つまりバイサルファイト後のシーケンスリードをマッピングする際には、このC→T、G→Aの置換を考慮したマッピングが必要になるわけです。
下記の論文では、バイサルファイト後リードのマッピングに特化したmappingソフトとして3のツールを比較しています。
１）BISMARK
２）BSMAP
３）RMAPBS
マッピング効率、時間、使用するCPUコア数などからBISMARKを推奨しています。
いくつかの連載にわけて、BISMARKをご紹介していきたいと思います。
参考文献
Comparison of alignment software for genome-wide bisulphite sequence data.
Nucleic Acids Res. 2012 May 1;40(10):e79. Epub 2012 Feb 16.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22344695
