tokunagaです。
これまでにVCFtoolsを使ったVCFファイルの加工や比較の方法をご紹介しました。
VCFtools
VCFtools②
今回はVCFファイルに関するRパッケージをご紹介いたします。
VariantAnnotation
Bioconductorのパッケージです。
VCFフォーマットのファイルを入力することができ、変異の概要やアミノ酸の変化、またはSIFTやPolypenスコアなどのアノテーション情報を見ることができます。
マニュアルには比較的分かりやすい使用手順が記載されています。
機会がありましたらまた詳しい情報を載せたいと思います。
まだR初心者ですが、Rには色んな便利なパッケージがありますので、しっかり勉強してご紹介いていきたいと思っております。
