ReactomePAを使ってみた

パスウェイデータベースReactomeをRから操作できるBioconductorパッケージ、ReactomePAを使ってみました。

インストール

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("ReactomePA")

テスト実行

> library(ReactomePA)
> library(DOSE)
> data(geneList)
> de <- names(geneList)[abs(geneList)>1]
> require(ReactomePA)
> x <- enrichPathway(gene=de, pvalueCutoff=0.05, readable=T)
> barplot(x, showCategory=8)

遺伝子のパスウェイ解析をする時に便利そうです。