こんにちはkubo改めkubo-mです。地図アプリがないと目的地にたどり着けない方向音痴です。
家族にある場所への道順を「北に向かって進んでから〇〇で東に折れて……」と説明されて、「歩いている最中に方角なんてわからないから、右に曲がるか、左に曲がるかで教えて」と訴えたところ、家族には「相対的に地図を見る派なんだね」と評されました。そんな派閥聞いたことない。
Linuxでも、ファイルやディレクトリの場所を示すのに、絶対パスと相対パスの2種類の示し方があります。
絶対パスは、ディレクトリ構造の一番上（/）からファイルやディレクトリの場所を示す方法です。コマンド実行時にどんなディレクトリにいても、特定のファイルやディレクトリを指す絶対パスは同じになります。
相対パスは、コマンド実行時の位置から見て、ファイルやディレクトリの場所を示す方法です。 「ひとつ上のディレクトリにあるファイルpiyo」 「今いるディレクトリにあるファイルhoge」 「今いるディレクトリにあるhogeディレクトリの中のfoo」 という示し方なので、同じファイルについて指し示すときも、ディレクトリを移動すると相対パスは変わります。
あるファイルを処理するためにツールを実行するとき、多くの場合は絶対パスと相対パスのどちらも指定できますが、ほとんどの場合、絶対パスを指定したほうが無難です。
# 相対パス $ samtools view -b hoge.sam -o hoge.bam # 絶対パス $ samtools view -b /home/user/analysis/hoge.sam -o /home/user/analysis/hoge.bam
ところで、ファイルやディレクトリの絶対パスって、みなさまどうやって取得しているのでしょうか。
実は私は、上記の例だと、/home/user/analysis/で作業していて、hoge.samの絶対パスを取得したいときは
pwdで作業ディレクトリの絶対パスを取得（/home/user/analysis/）- ファイル名を取得（
hoge.sam） - 作業ディレクトリのパスをファイル名を、コピー&ペーストしてから
/で繋ぐ。（/home/user/analysis+/+hoge.sam→/home/user/analysis/hoge.sam）
という手順で取得していました。
結構手数が多いのです。
……書きだしてみたらそうでもなく見えてきました（いえいえ、このコピー&ペーストが結構手間なのです）。
毎日やっていることなので、できれば1コマンドで済ませたい。
できるはずだ！
ということで調べて2つ方法を見つけました。
readlinkコマンド
$ readlink -f hoge.sam
readlinkコマンドは、シンボリックリンクに対してオプションを付けずに実行すると、リンクの実体の絶対パスを返すコマンドです。
-fを指定すると、ファイルの絶対パスが得られました。
findコマンド
$ find `pwd` -name "hoge.sam" /home/user/anaysis/hoge.sam
findに与える検索場所に、まさかpwdコマンドを与えられるとは、知りませんでした。
ちなみに、findはディレクトリの中を再帰的に検索するので、作業ディレクトリの中のディレクトリに同名のファイルがあると、そのファイルも出てきてしまいます。
$ find `pwd` -name "hoge.sam" /home/user/anaysis/hoge.sam /home/user/anaysis/test/hoge.sam
これを防ぐためには、findが検索するディレクトリの深さを指定します。
$ find `pwd` -mindepth -maxdepth 1 -name "hoge.sam" /home/user/anaysis/hoge.sam
使い分け
readlink -fのほうが、圧倒的に短く簡便そうなので、もうreadlinkだけでいいように思えたので、最初はこの記事もreadlinkだけで終わらせる予定でした。
しかし、複数のファイルの絶対パスをまとめて取得したいときに、readlinkが使いにくいことに気づきました。
$ ls *.fastq sampleA.fastq sampleB.fastq sampleC.fastq sampleD.fastq $ readlink *.fastq readlink: extra operand 'filname.txt' 詳しくは `readlink --help' を実行して下さい.
どうやらワイルドカードを使うと、よくわからない挙動をするようです。
一方findコマンドは、ファイル名にワイルドカードを指定すると、下記のような結果を返します。
$ find `pwd` -name "*fastq" /home/user/anaysis/sampleA.fastq /home/user/anaysis/sampleB.fastq /home/user/anaysis/sampleC.fastq /home/user/anaysis/sampleD.fastq
状況に合わせて、使いやすいほうを選択するとよさそうですね！
追記
コメントで別の方法を教えていただきました！ 教えていただいた方法のほうが、コマンドが短くて済みそうです。
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