kimotonです。
今回はMultiQCを紹介します。
その名の通りマルチなQCツールです。
論文はこちら
マルチなQCツールなんて言いましたが、要するにバイオインフォマティクス系ツールの結果ファイル、ログファイルをまとめていい感じにレポートにしてくれるツールです。
しかもレポートの中の画像はインタラクティブです！
紹介動画を添付します。
youtu.be
作者のPhil Ewels氏のツイートを見てみましょう。
Spend a lot of time working in R? This looks like a nice alternative to MultiQC for poking around data from FastQC reports 🧐 https://t.co/QGeGF9Pbkd
— Phil Ewels (@tallphil) 2018年5月10日
Rでレポート作成に時間かけてる場合じゃないだろ！とおっしゃっています。
その通りですね。
対応しているツール
MultiQCに対応しているツールは以下になります。
githubページより拝借。 ここに書かれているツールの出力ならどれでもレポート内にまとめられます。
出力例
ホームページ上で公開されている出力レポート例を貼っておきます。
これだけでもMultiQCの威力が感じられると思います。
RNA-seq Analysis
http://multiqc.info/examples/rna-seq/multiqc_report.html
Whole-Genome Analysis
http://multiqc.info/examples/wgs/multiqc_report.html
Metylation Analysis(Bisulfate)
http://multiqc.info/examples/bs-seq/multiqc_report.html
Genome Structual Analysis (Hi-C)
http://multiqc.info/examples/hi-c/multiqc_report.html
次回は実装手順を簡単にご紹介します。
