古くからの友達に久々に会うと嬉しくなりますね。
地元の幼馴染、高校の友達、サークル仲間、そして人類の太古からのお友達であるミトコンドリア。
DRY解析だけやっていると絵や写真で見るだけの彼ですが、最近、そのDRY解析中に会えました。
「？？？？？」と思われたそこのあなた、よもやま話ですがぜひお付き合いください。
最近、この論文と同じようなメタゲノム解析を行う機会がありました。
Xiaoxi Dong et al., Arsenic exposure and intestinal microbiota in children from Sirajdikhan, Bangladesh. PLoS One 12, (2017)
ヒ素曝露がヒト腸内細菌叢へ与える影響を調べた論文です。
ヒト腸内から採取したメタゲノムサンプルをシーケンスし、遺伝子組成を調べています。
この論文もそうですが、メタゲノム解析では、より良い解析結果を出すために
リード配列をホストのリファレンス配列にマッピングして、unmapped readのみを下流解析に用いる、という場合があります。
マッピングされたリードは細菌由来ではなく、コンタミしたホストゲノム由来であると考え除去するのです。
私もそれを行いました。
使ったのは、腸内細菌叢サンプルでなく細菌を人為的に混合したサンプルのシーケンスデータです。
つまりホストゲノム（ヒトゲノム）は入っていないはずです。
ところがヒトのリファレンスにマッピングしたところ、ある特定領域に高頻度でリードがマッピングされてしまいました。
お気づきでしょうか。
そう、その領域こそ、ミトコンドリアゲノムでした。
……細胞内共生説だーーー！！！
旧知の友に会った気分です。
こういうことがあると日々の解析が少し楽しくなります。
ここまでお付き合いいただきありがとうございました。
ちなみに、実際の解析場面で細菌由来のリードのミスマッピングを防ぎたかったら、
リファレンス配列のchrMTをマスクするという方法があります。
もちろん、本当にヒトのミトコンドリア由来であるリードが下流解析に残るので、
ケースバイケースですけどね！
