spatial transcriptome
切片などを材料として、つまり細胞の空間的な情報を有しながらトランスクリプトーム解析を行える技術です。
バーコード技術 を使って座標を識別しており、解像度は1細胞とまではいかないものの、組織構造がわかる程度にあるようです。
脳神経など、多様な細胞が複雑な構造で存在する組織の研究にとても役立ちそうです。
近年、さまざまな技術が報告されています。
MERFISH
multiplexed error-robust FISH (MERFISH)
SLIDE-seq
SPATiAL transcriptomics (Visium)
注:これだけ製品名みたいになってしまいました。手法名が別にあるかもしれません。
STARmap
(spatially-resolved transcript amplicon readout mapping)
Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states | Science
名前に FISH (fluorescence in situ hybridization) とつくものもあり、
この技術はシングルセルRNAというよりも、 FISH・免疫組織化学の家族なんだなぁと思いました。(素朴な感想)
今後は、「データ触ってみた」編を公開予定!?