アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

空間的なトランスクリプトーム

spatial transcriptome

切片などを材料として、つまり細胞の空間的な情報を有しながらトランスクリプトーム解析を行える技術です。

バーコード技術 を使って座標を識別しており、解像度は1細胞とまではいかないものの、組織構造がわかる程度にあるようです。

脳神経など、多様な細胞が複雑な構造で存在する組織の研究にとても役立ちそうです。

近年、さまざまな技術が報告されています。

MERFISH

multiplexed error-robust FISH (MERFISH)

Spatial transcriptome profiling by MERFISH reveals subcellular RNA compartmentalization and cell cycle-dependent gene expression | PNAS

SLIDE-seq

Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution | Science

SPATiAL transcriptomics (Visium)

Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics | Science

注:これだけ製品名みたいになってしまいました。手法名が別にあるかもしれません。

STARmap

(spatially-resolved transcript amplicon readout mapping)

STARmap Resources

Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states | Science


名前に FISH (fluorescence in situ hybridization) とつくものもあり、
この技術はシングルセルRNAというよりも、 FISH・免疫組織化学の家族なんだなぁと思いました。(素朴な感想)

今後は、「データ触ってみた」編を公開予定!?