こんにちは、受託コンサルティングチームの hosor です。
前回 は空間的遺伝子発現解析のシーケンスベースのプラットフォームを解説しましたが、今回はイメージングベース (Imaging-based) のプラットフォームを深掘りしていこうと思います。
より具体的には、Xenium, CosMx の 2 つの特徴や違いについて記載していきます。
※ 本記事は、各技術の一般的なユースケースを基にしています。ただし、プラットフォームごとに例外やアップデートが多い世界なので、細かい特徴は必ずしもここでの説明通りではありません。"大まかなイメージ" として読んでいただければ幸いです。また、詳しい内容は弊社にお問い合わせください。
復習｜イメージングベース (Imaging-based) とは
組織内で標的 RNA に蛍光プローブを結合させ、その蛍光を検出することで、高解像度に発現位置を特定する技術です。
長所はサブセルラーレベルでの詳細な解析が可能なこと、短所はあらかじめ決まった遺伝子しか検出できないことです。
Xenium In Situ (10x Genomics 社)
標的 RNA に結合した南京錠型のプローブを閉じてから何度も増幅するため、特異性が高いことが特徴です。
なお、遺伝子パネルには複数の種類があり、約 300 遺伝子や約 5,000 遺伝子の RNA が検出可能です。
解析面積は 10.45 mm × 22.45 mm ほどであるため、CosMx に比べて広い領域を対象としたいという場合に適しています。
解析例
図は以下より抜粋しました。
CosMx SMI (Bruker 社)
大量の分子を識別することが可能であり、パネルによっては約 6,000 遺伝子や約 19,000 遺伝子 (Whole Transcriptome) の RNA が検出可能です。
解析面積は 0.5 × 0.5 mm の領域 × 50 個、というイメージです。
より多くの RNA を検出したいという場合におすすめです。
解析例
図は以下より抜粋しました。
まとめ
今回は、イメージングベースの代表的なプラットフォームについて解説しました。
検出する遺伝子のパネルには色々な種類があり、最近では Whole Transcriptome のパネルも登場してきていますので、ご興味がございましたらお問い合わせください。
次の記事では、空間的遺伝子発現解析の新技術 Trekker の解説をしていく予定です！
