アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

バリアフリー

こんにちは。

統計解析ソフトのRでとあるデータ解析をしていて、
緑〜赤のグラデーション (greenWhiteRed(50)) の色でヒートマップを作図しようとしたところ、
「それは赤緑色盲の人(色を見分けにくい人の多くはこのタイプ)には見難い色なので、別の色を使わない?」という警告が出てきました。 (WGCNA ver 1.68)

> labeledHeatmap(Matrix = moduleTraitCor,
+              xLabels = names(datTraits),
+              yLabels = names(MEs),
+              ySymbols = names(MEs),
+              colorLabels = FALSE,
+              colors = greenWhiteRed(50),
+              textMatrix = textMatrix,
+              setStdMargins = FALSE,
+              cex.text = 0.5,
+              zlim = c(-1,1),
+              main = paste("Module-trait relationships"))
 警告メッセージ: 
 greenWhiteRed(50) で: 
  WGCNA::greenWhiteRed: this palette is not suitable for people
with green-red color blindness (the most common kind of color blindness).
Consider using the function blueWhiteRed instead.

色盲のひとはは区別しにくい一方で、はよく判別できるようです。
(青と緑でも)

f:id:Fuku-I:20191028101207p:plain:w400
blueWhiteRedで作成した図。見やすい!

色が見分けられる私はついつい好みの配色にしてしまいがち・・・
ソフトウェアパッケージからのメッセージで教えて貰えて助かりました。

パッケージの作成者はきっといい人です。

参考: www.nig.ac.jp

WGCNA: R package for performing Weighted Gene Co-expression Network Analysis


追伸
他にも面白い「ソフトウェアからのメッセージ」があれば、みなさんコメントで教えてください(^-^)