アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

plink の検索結果:

PLINKで可能なファイル形式の変換

…解析のお仕事が続き、PLINKさんと結構仲良くしてたと思うので、PLINKの便利機能 --recode についてちょっとご紹介します。 https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data#recode まず大前提として、PLINKがSNPデータをどう扱うかですが、SNPアレイから出てきたテキストファイル(PED、MAPなど)を、PLINKは --make-bed オプションでバイナリファイルに変換します。 PLINKが扱うバイナリファイルは…

GWAS結果を可視化する方法

…new_fugue、plink、tabixのインストールが必要です。 インストールが終わった後にですが、ひとつだけつまずきそうな点があります。 LocusZoom Standaloneには付属のテストデータと、テストデータで解析を実行するためのテストスクリプトがついています。インストール手順に従ってすべての依存ソフトのインストールを終えたあと、まずこのテストスクリプトの実行を試してみましょう。 cd examples ./run_example.py 2017年9月現在、エラ…

第24回バイオインフォマティクス勉強会「SNPデータ解析入門@神戸」開催のお知らせ

…いただきます。また、PLINKなどのフリーの解析ツールや実際のコマンドもご紹介させていただきます。勉強会後には情報交換会、会場にはささやかですがソフトドリンクとお菓子のコーナーをご用意しております。ご質問などございましたら、お近くのスタッフまでいつでもお気軽にご相談ください。みなさまにとって、貴重な情報交換の場となりましたら幸いです。 記 日時 :2013年7月13日(土) 15:30〜17:00 場所 :関西事業所 (兵庫県神戸市中央区港島中町2-1-12北埠頭ビル 3階)…

【バイオインフォマティクス勉強会】SNPデータ解析入門

…ただきます。 また、PLINKなどのフリーの解析ツールや実際のコマンドもご紹介させていただきます。 記 日時: 2012年12月15日(土) 14:45〜17:00 場所:東京ライフサイエンスインキュベーションセンター会議室A (東京都立産業貿易センター 浜松町館6階) 地図:http://tlic.incubation-center.com/access.htm 定員:24名 プロジェクターで投影しながら進行していきます。ノートPCの持ち込みは可能ですが、ネット環境の準備は…

plinkの裏?!オプション

…行う際に用いられる“PLINK”。 本日は、その裏オプションをご紹介します。 PLINKの使い方については、コチラを御参照ください。 SNP解析につきましては、コチラを御参照ください。 染色体の数は生物によって異なる為、ツールを用いてSNP解析を行う際には、染色体の数を設定する必要があります。 “PLINK”では、生物種の名前を入れることで、染色体の数を調整してくれます。 --dog Set chromosome codes for dog --mouse Set chrom…

Eigenstratで主成分分析〜必要なファイル〜

…dファイルの形式は、plinkやmerlinのものとほとんど一緒です。 1列目: Family ID 2列目: sample ID 3列目: Father ID 4列目: Mother ID 5列目: sex(male=1, female=2) 6列目:case-control(control=1, case=2) ※ここは、affection情報でも良いです。 7列目以降:genotype pedindファイルは、pedファイルの1列目から6列目までをsample毎に各行に…

【バイオインフォマティクス勉強会】SNPデータ解析入門

…ただきます。 また、PLINKなどのフリーの解析ツールや実際のコマンドもご紹介させていただきます。 記 日時: 2011年10月1日(土) 15:30〜17:00 場所:港区立商工会館 会議室 (東京都立産業貿易センター 浜松町館6階) 地図:http://tlic.incubation-center.com/access.htm 定員:24名 テキスト代:お一人 500円(当日受付にてお支払いください) プロジェクターで投影しながら進行していきます。 ノートPCの持ち込みは…

「QuickGWAS Academic」バージョンアップしました

…WASソフトである「PLINK」のWindows版ラッパーソフトである「QuickGWAS」シリーズですが、独自の機能として、統計解析パッケージ「R」を利用して、Q-Qプロットとマンハッタンプロットを描画する機能が実装されています。 しかし、この作図の機能を利用するため「make plot」ボタンを押すと、エラーとなりソフトが終了してしまうことがある、というバグが、ユーザー様よりご報告がありました。 この場を借りて、お礼申し上げます。 バグ修正の他にも、細かな機能改善も行って…

GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」の不具合につきまして

GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」をご利用いただきありがとうございます。 Windows XPにおきまして、「plink.exe」もしくは「Rscript.exe」のパス内に「スペース」を含む場合に、動作しない不具合を確認いたしました。 ご迷惑をおかけしておりますこと、お詫び申し上げます。 早急に修正版を公開いたしますので、もう少々お待ちください。 引き続き、「QuickGWAS Academic」をよろしくお願い申し上げます。

ブログ開始1周年

キムです。 「アメリエフの社員ブログ」を始めたのが、2010年5月7日。 あっという間に、1年が経ちました! 改めて見返してみると、R、PLINK、Primer3、NGS対応ゲノムブラウザなど、いろいろな題材をクローズアップしていました。 ご意見やご要望などがございましたら、コメントをお願いいたします。 それでは、良い週末を♪

GWAS解析ソフト「QuickGWAS Academic」がバージョンアップしました

GWAS解析ソフト「PLINK」のWindows版ラッパーソフトである「QuickGWAS Academic」がバージョンアップされました。 PLINKは、SNP解析、GWAS解析、ハプロタイプ解析、連鎖解析、層別化解析などなど、各種のSNPをベースとした遺伝統計解析ができるオープンソースソフトウェアです。 ただ、コマンドライン操作が基本になるので、一般的な実験研究者にとっては少々敷居の高いソフトウェアでもあります。 そこで開発したのが、Windows上で直感的にマウス操作で…

QuickGWAS Academic「GWAS」

… step4 「Execute GWAS」ボタンをクリックして、GWASを実行します。 step5 成功すると「GWAS End」ウィンドウが表示され、サンプル数が表示されます。 step6 「view log」をクリックすると、PLINKのログをご覧いただけます。 【ダウンロードページはこちら】 「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

QuickGWAS Academic「Preparation」

…bed/bim/fam」ボタンをクリックして、処理を開始します。 step4 「view log」をクリックすると、plinkのログをご覧いただけます。 テストには、ダウンロードしたplinkフォルダ内のtest.mapとtest.pedをご使用いただくと便利です。 【ダウンロードページはこちら】 「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

QuickGWAS Academic「Setting」

…ます。 step3 統計解析ソフト「Rscript.exe」と「plink.exe」へのパスを指定します。 ドラッグ&ドロップで指定もできます。 step4 入力完了後、「save」ボタンをクリックして保存します。 来週は解析をしてみましょう。 皆さま、良い週末を〜 【ダウンロードページはこちら】 「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

QuickGWAS Academic「ダウンロード」

…ポイントがあります。 「QuickGWAS Academic」をご利用いただくには、統計解析ソフト「R」とゲノムワイド関連解析ツールセット「PLINK」をダウンロード・インストールする必要があります。 ↓↓下記のURLからどうぞ↓↓ ■ 「R」 Download URL https://cran.ism.ac.jp/ ■ 「PLINK」 Download URL http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml

QuickGWAS Academic「機能」

…ださい。 「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「PLINK」のWindows版GUIインターフェースです。 ご利用いただける機能は下記のとおりです。 機能一覧 機能を充実させた「QuickGWAS Pro.」も現在開発中です。 【ダウンロードページはこちら】 「QuickGWAS Academic」のQuickGWASAcd_1.1.0.zip Version 1.1.0 (update: 2011/01/17)をクリックしてください。

「QuickGWAS Academic」リリースのお知らせ

…連解析ツールセット「plink」のWindows版GUIインターフェースです。PCにインストールしてご利用いただけます。 ケース・コントロール関連解析、Q-Qプロットとマンハッタンプロット作成を行えます。 教育・研究機関に限り、無償でご提供いたします。 (商用利用の場合はご相談ください。) 今後とも、より良い製品を目指して参りますので、皆さまのご意見・ご感想を頂けましたら幸いです。お問い合わせはこちら。 ダウンロードページはこちらです。「Download」をクリックし、ソフト…

PLINKの使い方3

…SNP統計解析ソフトPLINKの、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 閾値に関するオプションを何個か紹介します。 --geno {0.01} 説明:Maximum per-SNP missing 集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。 1%以上、遺伝子型が不明なSNPは除外されます。 --mind {0.01} 説明:Maximum per-person missing 個体において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。 1%以上、遺伝子…

PLINKの使い方2

…SNP統計解析ソフトPLINKについて書きました。 QTL解析2(2番目の記事) PLINKの使い方1 今日は、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 ファイルのinput/outputに関するオプションを何個か紹介します。 1.PEDファイル作成(拡張子「.ped」) 縦にサンプル情報、横にSNPごとのGenotypeが並ぶファイルです。 基本のカラム数は7つです。 1 Family ID 2 Individual ID 3 Paternal ID 4 Mater…

SNP解析パッケージ「PLINK」のGUIインターフェース

…「Windows版 PLINKのフロントエンド」についてご質問をいただいております。 マイクロアレイがそうであったように、SNP解析も一般的な技術になってきておりますが、マイクロアレイほどにはデータ解析ソフトが普及していないようにおもいます。やはり遺伝統計解析は少々特殊であることと、GUIベースでオープンソース(フリー)のソフトが少ないことも要因の一つではないかと考えています。 (PLINKにはGUIインターフェースである「gPLINK」が存在します) 弊社では、「Quick…

新サービスに向けて準備中です

…は、Windows版PLINKのフロントエンド(GUIインターフェース)で、2つめは、Windows版Primer3のフロントエンド(GUIインターフェース)です。 注)PLINKはSNPによるGWAS解析を行う統計解析パッケージソフトです。Primer3はプライマー設計をするソフトです。両者ともオープンソースとして公開されています。 どちらも、コマンドラインのアプリケーションなので、GUIのラッパーソフトを用意し、付加機能(公開されてからのお楽しみ)を加えました。通常はLi…

【勉強会のお知らせ】SNP解析の実務

…は以下の3つです。 PLINK:GWAS解析パッケージ、 HaploView:ハプロタイプ解析ツール、 PennCNV:CNV解析ツール 必要に応じて、統計解析パッケージ「R」も加えます。 記 日時: 2010年8月21日(土) 15時〜17時 場所:文京区シビックセンター5階 区民会議室B 地図:文京シビックセンター・案内図 定員:20名 予算:お一人500円 プロジェクターで投影しながら進行していきます。 基本的にはLinux上での操作になります。 VMwareで、ノート…

Rを使って図を描こう1

キムです。 先週は、PLINKを用いたQTL解析やGWAS、Expression QTL解析を紹介してきました。 今日からは、ExpressionQTL解析で有意差が確認されたSNPのデータから、 Rを使って箱ひげ図を作成する作業をしていきたいと思います。 Rは統計計算とグラフィック機能を兼ね備えたフリーの統計解析ソフトウェアです。 Rによる統計解析については、私はオーム社から出版されている 「Rによる統計解析」という本を愛読させていただいております。 ryamadaの遺伝学…

eQTL解析

今週はPLINKを用いたQTL解析やGWASを紹介してきました。 今日は、SNPジェノタイピングとマイクロアレイを結合させるExpression-QTL解析(eQTL)を行います。 1.サンプルデータを用意します 遺伝子発現量が一定レベル以上の発現マーカーを対象に解析を行います。 2.MAPファイルを作成します 発現マーカーごとのMAPファイルを作成します。 発現マーカーの前後数kbの領域に含まれるSNP一覧のファイルです。 3.PEDファイルを作成します 発現マーカーごとの…

PLINKの使い方1

…てきました。 今日はPLINKを使って基本的なSNPのデータ解析(GWAS:ゲノムワイド関連解析)を行います。 1.サンプルデータを用意します NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)に登録されているデータが整理されている「遺伝子発現バンク(GEO)目次」という大変便利なサイトがあります。 では、イルミナ社が公開しているHuman610-Quad v1.0ビーズチップでHapMapサンプルを解析したデータをダウンロードして使用します。 CHBとJP…

QTL解析3

…関係を調べるため、 PLINKでQTL解析を行っていきます。 Linuxを使用して、コマンドラインで行います。 1.PEDファイルとMAPファイルから、binary PEDファイルを作成します。 plink --file study1 --make-bed --out study1 2.QTL解析を行います。 plink --bfile study1 --assoc --pheno qt.phe --out quant1 quant1.qassocというファイルが出来上がりま…

QTL解析2

…SNP統計解析ソフトPLINKを使用してQTL解析を行いたいと思います! PLINKのDownloadページからプログラムをダウンロードします。 tutorialに従って一通りの作業していくと、 徐々に使い方が分かってきました。 では、さっそく解析の準備を始めたいと思います。 QTL解析の下準備として、以下の3種類のファイルを作成します。 1.PEDファイル 2.MAPファイル 3.phenotypeファイル 1.PEDファイル作成 拡張子を「.ped」で設定します。 縦にサ…

QTL解析1

…aits Loci:QTL)と言います。 QTL解析によって、QTLの染色体上の位置を知ることができます。 ここでは統計学的な詳しい解説は省略してしまいますが、 羊土社から出版されている「実感と納得の統計学」という本が大変参考になります。実例が多く、イメージしながら統計学の基礎を学べるおススメの一冊です。 次回からは、フリーのSNP統計解析ソフトPLINKを使用して解析していこうと思います。 入力するファイルの形式など、 解析の方法を簡単に紹介していきます。 次回へ続きます。