今日は、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)のBioinformatics Teamによって開発・運用されている「UCSC Genome Browser」について、簡単にご紹介したいと思います。
魅力的な点は、
１．検索が高速
２．多様なアノテーション
３．データベースと連携したコンテンツ
でしょうか。
２．多様なアノテーション
多岐にわたるアノテーションが準備されており、目的に応じてカスタマイズできるので便利です。
リファレンス配列も充実していて、ヒトゲノムだけで4種類ありますので
GRCh37/hg19 (2009)
NCBI 36/hg18 (2006)
NCBI 35/hg17 (2004)
NCBI 34/hg16 (2003)
過去のデータを見る時は、特に頼もしい存在かと思います。
３．データベースと連携したコンテンツ
BLAT ：高速アライメント
VisiGene ：in situ ハイブリダイゼーションの画像閲覧
Gene Sorter ：遺伝子発現パターン、アミノ酸配列、GO（Gene Ontology）等の類似度に基づいてソート
Genome Graphs ：ゲノムワイドなデータのセットを複数アップロードして表示
など、思わず試してみたくなるコンテンツが勢ぞろいです。
使い方は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信している統合TVをご覧いただくと、理解しやすいかと思います。
明日は、「CNVデータのカスタムトラックを作成する」作業に焦点を絞ってお話します。
