アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

システム

misawatの「適度にGASを使う」④

misawatの「適度にGASを使う」シリーズ最終章。

Dockerとストレージと私

最近Dockerちゃんと仲良くなろうと奮闘中の筆者に、事件が発生?!ドタバタお掃除コメディです🧹💫

サーバ間のファイル転送を手軽に!【.ssh/config ②】

scpコマンドって、ユーザー名指定して、IPアドレス指定して...ってコマンド長い!!そういう時も、.ssh/configが使えるんです😊 所要時間は1分⏱

【sudo】rootパスワードを知らなくて困った話【su】

フットボール⚽️のリーグがおわり、観戦による寝不足から開放された筆者がお送りします! sudo とsuコマンドについて詳しく調べてみました🖥(取り扱い注意!)

サーバへのログインを手軽に!【.ssh/config】

サーバへのログインって、ユーザー名指定して、IPアドレス指定して...ってめんどくさくないですか??そういう時は、.ssh/configを使いましょう😊 所要時間は3分⏱

簡単♪環境構築② Reseq環境を作ってみる編

Anaconda, Reseq, 環境構築

簡単♪環境構築① 入門編

AnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築!YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。

misawatの「適度にGASを使う」③

誰にも求められていn・・・ゲフンゲフン 。大好評を頂いている「適度にGASを使う」シリーズ第三段です。 関数を分けて書こう!の回。

misawatの「適度にGASを使う」②

GASを書くときの自分ルールの紹介をします。 GASの基本的な使い方の解説もしました。

UniDB(ユニバーサル データベース)のデータベースを更新しました

世界的に公開されている様々な集団のゲノムバリエーションや、変異と表現型(疾患や薬剤応答)など、10 種以上のデータベースをアメリエフ独自に統合したUniDB(ユニバーサル データベース)を更新しました。 ■最新リリース情報 Release v1.14 ・リリース日 …

misawatの「適度にGASを使う」①

GoogleSpreadSheetはクラウドで使える表計算シートで、非エンジニアでもみんなで使いやすい! その機能をさらにupさせるコーディングがあります。その名も「Google Apps Script(GAS)」中身はほぼJavaScript。レッツトライ(^-^)!

less画面上での文字列検索を楽に ~大文字小文字を区別させない~

lessで開いたファイル内での特定文字列(ex. hoge)の検索は、' /hoge 'と打てば可能です。 便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。 例えば、アノテーション情報付きVCFから特定データベース由…

less画面をすっきり見やすく

バイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。 VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。INFO列は親の仇。 見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です…

稼働中のタスクをtopコマンドで!

サーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。 コマンドはとてもシンプルです。 $ top システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ…

Google日本語入力なら矢印の入力が簡単

こんにちは、久保(@kubor_)です。 スマートフォンのバイブモーターが経年劣化のためか、軸ブレしており、ギュイーンギュイーン鳴ってしまうんですが、買い替えどきでしょうか。ウェイトの偏りが振動を生みます正常なバイブモーターであれば、軸がブレず、…

cpコマンドの進捗状況をチェックする

コピー中にあとどれくらいか知りたい時があるんです、 特に`cp -v`を忘れた時に有用 Xfennec/progress 調べたら、こちらのprogressを使うと簡単にできますダウンロード$ git clone https://github.com/Xfennec/progress.git Initialized empty Git repositor…

ヘビーな夏

弊社が一部講義を担当した平成27年度NGSハンズオン講習会のアンケート結果を、事務局のかたから送っていただきました。 私が担当したSh、Perl、Pythonに関しては、「易しいと思っていたらいきなり最終課題が難しくなった」というご意見が多かったです。 実は…

どの括弧が閉じているのかよく分かるVimの設定

京都支店に居た頃、鴨川でサンドウィッチを食べているところをトンビに襲われ、出血したことがある久保(kubor)です。 Vimを使っていて、コーディング中、 括弧が重なって困るなら、対応する括弧をハイライトしましょう。 もしくは対応する括弧へカーソルを…

どんな改行コードでも・後

前回に引き続き改行コードの処理の話です。 今回はPerl・Pythonのなかでどう扱うか、コード例を挙げて説明します。 perlの例 行末の「¥n」はchompで取り除くことができます。それ以外は正規表現を使うと簡単と思います。 open IN,"file.txt" or die "$!";whi…

どんな改行コードでも・前

弊社のトレーニングやNGSハンズオン講習会などでPerlやPythonに触れた方は「『¥n』で行の末尾を示す」と聞いたことがあると思います。 『¥n』はLine Feed、LFとも呼び、LinuxまたはMac OS Xで使われる改行コードです。改行コードはOSの種類やバージョン、ソ…

Pythonでgzipされたテキストファイルをcsvモジュールで読み込む

gzip圧縮されたファイルをPythonで読み込むときには、少し注意が必要です。 例として、手元に偶然あった魔法の言葉が書かれたタブ区切りテキストファイルを使用してみます。 zcat supercalifragilisticexpialidocious.txt.gzsuper cali fragilistic expia li…

シェル芸

hatです。 先日、jus & USP友の会さんのシェル芸勉強会に参加してきました。 シェル芸は、USP友の会会長上田さんのブログで次のように定義されています。 「マウスも使わず、ソースコードも残さず、GUIツールを立ち上げる間もなく、あらゆる調査・計算・テキ…

or dieよりもautodieがナウい

こんにちは、朝ごはんはパン派の久保(kubor)です。 みなさん、Perl書いてますか? 文字列処理が得意なPerlの使いドコロといえば、FASTQファイルを処理したり、TSVファイルを処理したり、とにかくファイル操作が多いです。 Perlでは、ファイルハンドルの作…

全部ぶちまける前に

五月になり、GWも終わって、世間の新歓ムードも落ち着いてきました。 自分が学生や新社会人だった頃を思い返すと、この時期はお酒を飲んでいろいろなもの(暴言や未消化の食物)を口から出していた思い出ばかりです。 そのような記憶を胆汁の味とともに苦々…

書き込み権限の無いファイルをsudoで上書き保存する

こんにちは、根は真面目な、久保(kubor)です。 みなさん、Vim使ってますか? vimでファイルを編集し終わって、よし、保存しようと思い、 :w E45: 'readonly' オプションが設定されています (! を追加で上書き) 「ああああ、sudo vimしてない」てなことが結…

Pythonの19のおきて

温泉街などに行くと「長生きの心得 10訓」や「夫婦円満の秘訣 20条」などを湯飲みやペナントに書いたものが売られているのを目にすることがあります。 箇条書きなので一見説得力がありますが、良く読むとそれほど実のあることを言っていなかったりして、その…

CentOSの2TBの壁

こんにちは。Kitanoです。 突然ですが、皆さんは「CentOSにおける2TBの壁」というものをご存知でしょうか? これは、サーバ構築時やfdiskコマンドによるパーティション作成の際に、2TB以上のパーティションの作成ができないという問題を示した言葉です。 つ…

ログの残し方

ソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。 なぜか解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。 しかし、ログを流しっぱなしにしては、後…

grepのこんなオプション

grepでは検索にヒットした行の前後の行を併せて表示することができます。 このようなファイルがあった場合に Humpty Dumpty sat on a wall, Humpty Dumpty had a great fall. All the King's horses, And all the King's men Couldn't put Humpty together a…

大事なことなので

10年以上Linuxで仕事していますが、いまだに知らないコマンドが たくさんあります。 最近 yes というコマンドを知りました。 指定した文字列をひたすら出力し続けるコマンドです。 実行例です。 $ yes SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! SPAM! : 止めるにはCtr…