perl初心者も初心者のtokunagaです。 まだまだ勉強中です。 先ほどまでvcfファイルをフィルタリングするプログラムを作成していました。 vcfとはVariant Call Formatの略で、次世代シーケンサーのデータから検出された多型を記述する一般的な形式です。 そし…

こんにちは。detです。 今回は、他言語出身者（特にC言語出身者）がperlに触れるときに、 最初に躓きやすい点について簡単に記事にしてみました。 １．条件分岐において Cでifの次にもう一度条件分岐するときは、else if と書きます。 perlも同じような制御…

akbです。 入社して早くも1ヵ月が過ぎようとしています。 社会人生活にも慣れ、徐々に生活のリズムが出来始めてきました。 そんな矢先の出来事です。 昨日は、『タノ』さんの送別会でした。 とても賑やかな会になりました。 ”少し”さみしくなりますが、今ま…

融合遺伝子検出ソフトウェア defuseを使ってみる【第二回】のつづきです。 第一回ではデータの準備とソフトウェアのインストール、第二回では設定ファイルの編集とデータセットの作成を行いました。 今回はいよいよ融合遺伝子の検出を行います。 【第一回】 …

融合遺伝子検出ソフトウェア・defuse【第一回】のつづきです。 前回は、データの準備とソフトウェアのインストールを行いました。 今回は、設定ファイルの編集とデータセットの作成を行います。 【第一回】 1. 解析データの準備 2. アノテーションデータの準…

前回ご紹介した融合遺伝子検出ソフトウェア・defuseを使ってみます。 一回目の今回は、データの準備とソフトウェアのインストールを行います。 【第一回】 1. 解析データの準備 2. アノテーションデータの準備 3. ソフトウェアのインストール 【第二回】 4. …

最近この業界でホットなキーワードの一つが、「融合遺伝子（fusion gene）」ではないでしょうか？ 融合遺伝子は、体細胞ゲノムで生じたリアレンジメント部位から転写された異常な遺伝子のことで、癌との関連が注目されています。 同じ染色体上で生じる場合も…

こんにちは。detです。 先週から、仕事で使用するスクリプトをPerlで書き続けています。 少しずつPerlの記法というものが、理解できて来ました。 なにより、Perlは自由な面が多く、これがメリットでもあり、 デメリットでもあると思います。 たとえば、以下…

tokunagaです。 前回の記事で私は、Linux基礎の課題で多くのエラーが出て苦しんでおりましたが、 CentOSをインストールしなおしたところ拍子抜けするほどうまくいきました。 どうやら最初のセットアップの手順を間違えていたようで・・・・ 色々なツールが入…

アメリエフ株式会社は、2012年5月24日(木)〜25日(金)にホテル阪急エキスポパークにて開催される「NGS現場の会 第2回研究会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 研究会ホームページ http://ngs-field.org/meeting/2nd ■ 開催期間 20…

akbです。 ブログ更新の順番で、1週間の早さを実感しております。 さて、今日は英語の論文を読む際に便利なツールを紹介します。 1.準備するもの 下記の①〜③をインストールします。①ブラウザ：Fire fox②アドオン：Greasmonkey (https://addons.mozilla.org/j…

こんにちは。detです。 私は、現在、バイオインフォマティクス関連のデータ処理プログラムを Perl言語で作成しています。 今まで、私が主に使っていたのがC言語でしたので、Perlは初挑戦です。 宣言、配列、入出力、関数の取り扱いなど、似ているところもあ…

こんにちは。hatです。 今週土曜日から、バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」が始まります。 本コースでは、Linuxをあまりお使いになったことがない方に、Linuxの基本的な使い方からバイオ系ソフトウェアのインストール〜実行までを、実際に手…

tokunagaです。 昨日の夜は歓迎会で焼肉でした。 とてもボリュームがあり、つい食べ過ぎてしまいました・・・・ そしてなによりお酒の強い方々しかいないことに驚きました! 私は先週に引き続き、Linux基礎を学んでおります。 なかなか課題が終えられず、苦戦…

春の嵐で帰宅難民になったakbです。 引っ越しの荷物も徐々に片付き、部屋も落ち着いてきました。 入社して早くも1週間が過ぎました。 この1週間は、会社の教材を用いてLinuxの基礎を学びました。 虫食い状態だったLinux知識の体系化ができ、良い勉強になった…

この四月から、インターンシップ生としてお世話になっています、 detと申します。 私はこれまで、アカデミアの世界で生体分子の シミュレーションに関する研究をしていました。 ですが、ビジネスの世界に挑戦したいと思い、 アカデミアを抜け出して、こちら…

2012年度入社のhatです。 今年、弊社に新入社員が三名入りました。 ご挨拶三人目の私は中途採用で、前の会社ではnon-coding RNAやRNA-Seqに関わる仕事をしていました。 私の趣味は落語を聞くことなのですが、つねづね落語は生物のゲノムDNAによく似ていると…

2012年度入社のtokunagaです。 九州から上京してまいりました。 まだまだ東京の生活にも慣れておりません・・・・ 先月、大学院の修士課程を修了しました。 私の大学での専攻は魚類免疫学で、ゼブラフィッシュを用いて硬骨魚類の免疫メカニズムについて研究…

はじめまして。 2012年度入社のakbです。 会社のブログ更新という大役を仰せつかりまして、大変緊張しております^^; はじめての投稿なので、少し自己紹介をしようと思います。 私は、今年の3月に大学院を卒業しました。 学部ではワムシ、ウナギ、メダカ、ト…