平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 2013年12月28日（土）〜2014年1月5日（日）まで 【営業開始】 2013年は1月6日(月)より通常営業 …

Circosを使ってみようでご紹介したCircosを使って、 以下のようなヒトのChainSelfの図を描いてみたいと思います。 手順 （１）データファイル用意 （２）設定ファイル作成 （３）Circos実行 今回は「（１）データファイル用意」を行います。 ChainSelfは、ヒ…

先月の11月12日、日本人のゲノム情報データベースHuman Genetic Variation Databaseが公開されました。このことは一般紙でも報道されました。 以前の連載でも、ゲノム情報のデータベース、特に人種や民族別のデータベースが、高スループットの遺伝子解析機器…

前回はbiomaRtパッケージを使って、「ADH1B」「ALDH2」遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつけました。 今回は、RamiGOパッケージを使って、それらのGeneOntologyIDがどのような関係にあるか、図示してみたいと思います RamiGOパッケージをインストール…

＿★ ＿▲ ▲▲▲ R Advent Calendar 2013に参加させていただいております。 ＿■ Bioconductorは、バイオ解析関連のRパッケージを集めたサイトです。 750個以上（2013年12月時点）の有用なパッケージが登録されています。 複数の遺伝子の特徴の傾向を見たい時に、…

ネスレのコーヒーマシン、バリスタ（左）とドルチェグスト（右）が 我が社にきました。 バリスタはインスタントコーヒーの粉を使うタイプ、 ドルチェグストはカプセルを入れ替えるタイプで、 おいしいコーヒーを気軽に飲むことができるので カフェイン中毒に…

VCFファイルの一番右側には、以下のようにジェノタイプ情報が記されています。 ---------------------------------------- #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2…

tokunagaです。 有言実行です。 第2回使ってみたシリーズです。 今回ご紹介するのは DeNovoGear サイト http://denovogear.weebly.com/index.html 論文 http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n10/full/nmeth.2611.html trioデータからDeNovoのmutationや…

第28回バイオインフォマティクス勉強会「NGSデータ解析サーバ体験セミナー」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！

ベクトルやリストを並び替えるときはsort()関数を使いますが 行列（マトリクス）やデータフレームを、特定の列をキーにして 並び替える場合はorder()という関数を使います。 同じジュースが、250ml・100円、350ml・120円、180ml・80円で 売られています。 1…

Pythonでグラフを書こう、の第２回です。 前回の記事では、グラフの描画パッケージであるmatplotlibのインストールを行いました。今回は、簡単なグラフを書いてみたいと思います。 matplotlibのウェブサイトには豊富なexampleが表示されていまして、任意のグ…

もし日本がひとつの会社だったら〜「日本経営」進化への提言〜 田村耕太郎氏の著書『もし日本がひとつの会社だったら〜「日本経営」進化への提言〜』では、日本が今解決すべき問題点を独自の視点で指摘しています。その中で特に印象が強かったのは、海外への…

弊社が神田に移転しまして一週間が過ぎました。 以前の環境と今の環境の違いは以下の点でしょうか。 ・オフィスが広い ・オフィス周辺にリーズナブルな飲食店が多い ・ランチのお弁当が格安 …食べ物の話ばかりというツッコミはさて置き、新しいオフィスで心…

アメリエフ株式会社は、2013年12月3日（水）〜6日（金）に神戸国際会議場で開催される、「第36回日本分子生物学会年会」に出展いたします。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第36回日本分子生物学会年会 ホームページ：http://www.aeplan.co…