必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築！

nf-coreで公開されているNextflowパイプラインをカスタマイズする方法について解説

Nextflowを利用して、RNA-seqパイプラインを実行する方法について解説

Nextflowの基本的な使い方について解説

バイオインフォマティクス解析で使用されるNextflow言語について解説

Reactome のデータを使うことで、第二階層のパスウェイを検索する方法を紹介！

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます！

PythonライブラリのSeleniumでスクレイピングを行う方法を細かく解説します。情報収集や業務効率化に役立ちます！

venvで仮想環境構築

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

pythonの`import`を用いると、パッケージを読み込んで様々な関数を使えます。 自分で定義した他のpythonプログラムもimportできます。長いプログラムを書くときや、機能別にファイルを分けたいときに便利！

全ゲノムFASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAの入力が必要な解析ツールってありますよね🥺全ゲノムFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに作れます💫

pythonでloopのご利用は計画的に！

Pythonコーディング新2年生のアメリエフ社員が厳選する、Python組み込み関数3選✨

コーディング規約に従って、誰でも読みやすく理解しやすい、美しいコードを書きたい...！今日は、Pythonのコーディング規約「PEP8」について学びます👀💡

こんにちはーhr-kです。pythonで、同じような関数を100回書かないといけないこと、ないですか？？ 「括弧内の文字列をpythonのコードとして実行する」`exec`という関数で解決！コード例付き！

7月の勉強会の模様をお届けします(^-^) 東京では久しぶりの晴れ空となったこの日。 テーマは 1. NGS解析頻出データフォーマット解説 2. Pythonを使ってNGSデータを自分好みのExcelにまとめる。

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで多用する「辞書(dict)型」の使い方を簡単にご紹介します。 pythonで辞書は以下の形で定義できます。 # {key1:value1, key2:value2, ...} >>> test = {'A': 'Archaeology', 'C': 'Cosmology', 'G': 'Geology', 'T': 'Top…

こんにちは、hr-kです。今回はpythonで、同じ関数を使い倒す時に、より早く計算する手法をご紹介します。 pythonで以下のようなコード(test.py)を書くとします。 import time def test(text): # なんか重たい処理 texts = '' for i in range(1000): texts = …

kimotonです。 RのカテゴリーはあるのにPythonのカテゴリーないのですね、、勝手に作りました。 パスの取得は、パイプライン開発なんかの際によく必要になります。 Pythonの標準ライブラリglob を使えば、正規表現を使ってパスのリストが取得できちゃいます…

こんにちは。hr-kです。今回は、前回の記事で書いたRでの方法に続いてpythonでvcfファイルを扱う方法を書きたいと思います。 pythonでvcfを開くときには、pyvcfが非常に便利です。 コマンドライン上でpipを通してインストールできますpip install pyvcf。 イ…

前回に引き続き改行コードの処理の話です。 今回はPerl・Pythonのなかでどう扱うか、コード例を挙げて説明します。 perlの例 行末の「¥n」はchompで取り除くことができます。それ以外は正規表現を使うと簡単と思います。 open IN,"file.txt" or die "$!";whi…

弊社のトレーニングやNGSハンズオン講習会などでPerlやPythonに触れた方は「『¥n』で行の末尾を示す」と聞いたことがあると思います。 『¥n』はLine Feed、LFとも呼び、LinuxまたはMac OS Xで使われる改行コードです。改行コードはOSの種類やバージョン、ソ…

gzip圧縮されたファイルをPythonで読み込むときには、少し注意が必要です。 例として、手元に偶然あった魔法の言葉が書かれたタブ区切りテキストファイルを使用してみます。 zcat supercalifragilisticexpialidocious.txt.gzsuper cali fragilistic expia li…

こんにちは。 先日、金さん(kimk）がお土産で買ってきてくださった栗羊羹があまりに美味しかったので、いっそ羊羹をまとめ買いするかどうか、悩んでいる久保（kubor）です。 羊羹のまとめ買いで悩む方が読者にいるかどうかはわかりませんが、プログラムを書…

Pythonに限った話ではありませんが、一生懸命プログラムを書いて、いざ実行すると、いくつものバグに遭遇します。エラーが出る、あるいは、エラーは出ないのに、プログラムが意図したとおりに動いてくれないということも。 こういう場合、きっとどこかで条件…

温泉街などに行くと「長生きの心得 10訓」や「夫婦円満の秘訣 20条」などを湯飲みやペナントに書いたものが売られているのを目にすることがあります。 箇条書きなので一見説得力がありますが、良く読むとそれほど実のあることを言っていなかったりして、その…

先日、数年ぶりに同い年の従兄弟に会いました。彼は正規表現の研究をしています。具体的にどんな研究をしているのか想像できないのですが、日頃からお世話になっている技術なので、お礼を言っておきました。 ということで、正規表現を使って、数値を3ケタの…

Pythonでグラフを書こう、の第３回です。 前回の記事では、matplotlibを使用して円グラフを描いてみました。今回はそのプログラムのソースを見ていきたいと思います。 前回の記事でダウンロードした pie_chart.py をテキストエディタなどで開くと以下のよう…