アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

(Rで)ディレクトリやファイルのパスを扱う方法

Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

SandboxでSingularityコンテナを編集する方法

SingularityコンテナをSandboxを使って編集する方法について

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。