アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

SSH接続のタイムアウトを防ぐ〜ローカル側の設定

SSH接続のタイムアウトを防ぐ

Rで遺伝子名をIDに変換する

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Pythonで配列アライメントおよび分子系統樹を書く

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

PLINKにvcfを読み込む

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

Windowsユーザのためのあれこれ② -新しいPCを手に入れたら (GodModeのご紹介)

Windows PCのコントロールパネルを見やすくする

bamファイルのPPタグ

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。