アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2016-01-01から1ヶ月間の記事一覧

新規メンバー募集!

アメリエフは、基礎研究を支援した6年間の実績をもとに、 “生命を理解し豊かな社会を実現する”というビジョンを掲げ、 「健康」「医療」分野のサービスをより充実させ 「遺伝情報と健康を結びつけるプラットフォーム」の実現を目指します。 そこで、事業拡大…

稼働中のタスクをtopコマンドで!

サーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。 コマンドはとてもシンプルです。 $ top システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ…

AWKでフィルタリング

以前の記事(TopHat-Fusionの結果の見方)で、 「Linuxコマンドのawkを使ってfusions.outをフィルタリングする方法もあります」と書いたので、 今回はawkコマンドのご紹介をしたいと思います。 AWKコマンドは主に、テキストファイルから要素を抜き出したりする…

snpEffのアノテーション書式

たびたびブログでもご紹介している、アノテーションソフトsnpEff、一年前の9月にバージョン4.0になったとご紹介しましたが、2015年1月現在のバージョンは4.2です。 snpEffで付与されるアノテーションの書式は、以前は下記のような「EFF=...」でした。 ##INFO=