前回に引き続き、SeqCap Epi連載の第2回です。 今回は、SeqCap Epiによる実験データをどのように解析していくのか、ご紹介いたします。用いるソフトはすべてオープンソースのフリーウェアです。 このパイプラインでは、SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit（…

DNAのメチル化解析手法はこれまでマイクロアレイや、リアルタイムPCRを使用したものがありましたが、どれも解析可能なゲノム範囲に限りがありました。 しかし、NGS（次世代シーケンサー）を使用するSeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit（ロシュ・ダイアグノス…

FastQCにv0.11.1から次のチェック項目が追加されています。 ・Per tile sequence quality タイル単位のクオリティが出せるようになりました。 ・Adapter Content これまではOverrepresented sequencesでアダプタも確認していましたが、アダプタ混入率を示す…

アメリエフブログをご覧の皆様、はじめまして、10月1日より入社致しました。 久保（kubor）と申します。 京都支店に勤務しています。 #自己紹介 大阪府堺市の出身です。刀鍛冶と鉄砲が有名です。僕は、さすがに刀と鉄砲に縁はありませんが、刀鍛冶の技術を活…

9月25日〜9月27日にかけて横浜で開催された第73回日本癌学会学術総会のポスターセッションに参加させていただきました。 テーマは、次世代シーケンスデータを用いた高精度の体細胞変異検出ワークフローについてです。 公開データを用いた、体細胞変異検出ソ…

2014年10月2日（木）〜4日（土）に仙台国際センターで開催される、 「第３回生命医薬情報学連合大会」にて講演させていただきます。 学会名 ：第３回生命医薬情報学連合大会 開催期間 ：2014年10月2日(木) 〜 4日(土) 会場 ：宮城県仙台市 仙台国際センター …

はじめまして 2014年10月に入社致しました ohtay と申します。 自己紹介をさせていただきます。 ・出身地 群馬県 -だるま弁当が有名です! ・高校 商業校 -「地域活性のためにどうする?」という研究を行いました ・専門学校 情報系 -OracleDBとシステム情報の…