LTR解析について連載するとか言っておきながら何ヶ月たったことか・・・ どうもmisawatです。大丈夫です。生きてます。 さて、期間が大分空いてしまいましたが、第二回として 「LTRの研究事例」 について紹介していきたいと思います。 やはり「どんなことが…

10/18~22はアメリカ人類遺伝学会(ASHG)2016がバンクーバーで開催されていました。 その中でBroad Institueから発表されたGenome Aggregation Database (gnomAD)について紹介したいと思います。 次世代シーケンサー（NGS）を使っている人にはお馴染みの図です…

現在、アメリエフはNGSデータを中心に解析を行っています。 しかし、もともと起業した社長は遺伝統計学のバックグラウンドがあり、最初はSNPアレイデータ解析の会社でした（そもそも、創業当時はNGSが今ほど普及していませんでした）。 とはいえ、ここ数年ず…

〜前置き〜 だんまりを決め込んでいました。 どうもmisawatです。 たまにはInputだけではなくOutputせねば！と謎の義務感にかられたので記事を書きにきました。 テーマは「LTR (Long Terminal Repeat)」の解析です。 ・・・。 はい。 「繰り返し〜」とか「リ…

9月9日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 《内容》10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 本勉強会では、日本で10x Genomicsのサービスを提供する3社を…

今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。 せっかく気を付けていたのに、台無しです。 無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシ…

先週開催されたNGSハンズオンの第2部が無事？終わり、社内の関係者一同、ほっと一息ついています。 そろそろ、アメリエフの夏の風物詩となりつつあります。 昨年から、科目も内容も増やしたこともあり、準備に大わらわでしたが、講習後に、わかりやすいと多…

去年、講師・TAを担当させていただいたNGSハンズオン講習会で、今年もNGS解析を担当させていただきます！ （平成28年度NGSハンズオン講習会） 去年担当させていただいた科目は、PythonやPerlなどのプログラミングとNGS解析の一部（NGS基礎・Reseq解析）でし…

みなさまのご支援を賜りまして、今年の7月1日でアメリエフは設立7周年を迎えました。 今後とも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。 アメリエフ社員にとっては、7月1日はおいしいものを食べられる日ということになっています。 今年はウナギを食…

5月からアメリエフに入社しましたhachikuboです。 アメリエフでは、総務、経理、人事などのバックオフィス全般を担当します。 10年以上前に大学の生物学科を卒業しましたワーキングマザーです。 大学卒業後、営業、研究補助、経理、労務など様々な仕事に携わ…

RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。 HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。 TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。 ゲノムに対して小さな…

アメリエフでは、7月8日（金）に「データサイエンティストを目指す学生必見！ インターン Meetup 2016年夏」を開催いたします。 夏休みにインターンに参加したい学生さんをはじめ、バイオ業界、 バイオベンチャーに興味がある方を対象に、バイオ業界について…

こんにちは、先日、桔梗屋信玄餅を買いに初めて三越に行きました、@kuborです。 WEBサイトを見ている時にリンクを右クリックしてURLをコピーし、Slack、esa.io、もしくはGitHubなどで共有することが多いのですが、プレーンなURLを貼るだけではなんのURLかわ…

去年、The Scientist誌が選んだ革新的技術トップ10（Top 10 Innovations 2015）の1位を飾った技術、それが、スタートアップ企業10x genomicsが開発した、「GemCode」と呼ばれる次世代シーケンサーの新しい前処理技術です。 GemCodeの技術を簡単に説明すると…

バイオインフォマティクス初心者が勉強を始める際に、最初に立ちはだかる壁は、Linuxという未知のOSとの相対だと思います。 最近はVirtualBoxなどの仮想化ソフトもネットにたくさんありますので、導入すること自体は皆さんできるかと思います。しかし、もし.…

Cytoscapeは、複雑なネットワークおよびその属性の図示、統合、分析に用いられるオープンソースのソフトウェアです。 遺伝子ネットワーク、ソーシャルネットワーク、路線図など、点(node)と線(edge)で構成されるデータセットを可視化することができます。 デ…

前回のブログでも少し触れましたが、10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 今回はそのGemCodeシステムに対応したゲノム解析パイプラインLong Rangerのご紹介をしたいと思います。 …

バイオ分野で使われているプログラミング言語には、バイオインフォマティクス向けのライブラリが用意されており、BioPerlやBioPythonなどをご存知の方は多いかもしれません。 最近注目されているGoogleによって開発されたGO言語にも、バイオインフォマティク…

2016年5月20日に開催した第44回、および27日に開催した第45回バイオインフォマティクス勉強会の 「フリーソフトではじめるNGS融合遺伝子解析入門」の資料を、一部修正してSlideShareに公開いたしました。 RNA-seqの基本的な解析方法にはじまり、融合遺伝子解…

2016年4月18日より、こっそり入社していましたmisawatと言います。 出身は神奈川ですが、相模原に住んでいるのでアメリエフのオフィスは少し遠いです。 大学では医療、大学院では分析科学をやってきました。 最近の分析機器は高性能なので簡単にビッグデータ…

新年度となり気持ちも新たに新オフィスで業務を開始いたしました。 オフィスの広さは約2.5倍になり新メンバーを迎え入れてのスタートです！ たくさんの方々から、引っ越し祝いを頂きました。 さらに身を引き締めて取り組んでまいります。

5月20日、5月27日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 （東京開催、大阪開催とも同様の内容となります。） 《講師》 山口 昌雄 （アメリエフ株式会社 代表取締役社長） 尾上 広祐 （バイオインフォマティクス事業部データ解析担当） 《…

こんにちは、onouekです。私はバイオインフォマティクスエンジニア（遺伝子データ解析のエンジニア）として昨年の4月に入社しました。入社して１年経った今、データ解析エンジニアの自分にとってアメリエフという会社がどういう環境なのかということを自分な…

RNA-seq解析におけるマッピングソフトウェアの選択肢は、TopHat一強から、STARもずいぶん多く使われるようになってきました。 性能や速度から、STAR一択！ と言い切る人もいますが、まだ根強くTopHatユーザもいるという印象です。 マッピングは解析の中でも…

この度、業務拡大に伴い、2016年4月18日（月）より下記の通り本社を移転する運びとなりました。つきましては、移転に伴い、住所、電話番号、FAX番号が変更となりますので、恐れ入りますが、お取り計らいの程よろしくお願い申し上げます。 なお、現住所、電話…

2016年2月17日の日本経済新聞にて、「ユーグレナ、遺伝子解析のベンチャーに出資 」という見出しで記事が掲載されました。 ●記事はこちらよりご覧いただけます http://www.nikkei.com/article/DGXMZO97328210W6A210C1000000/ 専門性の高い解析技術を持つ弊社…

毎日新聞社のビジネスサイト「経済プレミア」に、代表取締役社長CEO 山口 昌雄と経営顧問 丸 幸弘 (株式会社 リバネス 代表取締役CEO)の対談記事「第一弾」が掲載されました。 「経済プレミア」は「政治・経済」「ＩＴ・テクノロジー」「社会・カルチャー」…

アメリエフは、基礎研究を支援した6年間の実績をもとに、 “生命を理解し豊かな社会を実現する”というビジョンを掲げ、 「健康」「医療」分野のサービスをより充実させ 「遺伝情報と健康を結びつけるプラットフォーム」の実現を目指します。 そこで、事業拡大…

サーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。 コマンドはとてもシンプルです。 $ top システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ…

以前の記事(TopHat-Fusionの結果の見方)で、 「Linuxコマンドのawkを使ってfusions.outをフィルタリングする方法もあります」と書いたので、 今回はawkコマンドのご紹介をしたいと思います。 AWKコマンドは主に、テキストファイルから要素を抜き出したりする…