アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

シングルセル解析

【シングルセル解析】各サンプルの細胞割合を積み上げ棒グラフで描画

各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介!

【シングルセル解析】サンプル間で共通するマーカー遺伝子の検出方法

シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!

Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

SeuratのFindMarkers() の結果を使ったVolcano plotの描き方

Volcano plotを描くために、SeuratのFindmarkers() 関数のオプションを少し工夫します。

single cell RNA-Seqデータから コピー数変異を予測

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

手っ取り早くRをビルドしてインストールする

Rをソースからビルドしてインストール!! (語感がルー◯柴感ある)

pca, tsne, umapの座標を書き出す

シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。

2遺伝子を重ねて発現プロット 〜シングルセル Seurat〜

シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。

CITE-seq解析の紹介

ちょっと前にmiya-yさんがシングルセルATAC-seqについて記事を書いていたので便乗します。 CITE-seq解析について概要と関連ツールのご紹介。Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing 略してCITE-seqです。

シングルセルATAC-seq解析を始めよう

クロマチンアクセシビリティを細胞レベルで明らかにする、今をときめくシングルセルATAC-seq。現在どんなDRY解析が行われているのでしょうか?

single cell RNA-seqで、アイソフォーム解析!

bulk RNA-seqでできる解析が、どんどんシングルセルRNA-seqでもできるようになっています。 シングルセルの全長RNAシーケンシング・解析をご紹介!アイソフォームや融合遺伝子の解析に。

Single Cell RNA-seq解析で使用されるプロトコルのご紹介

お久しぶりです。kimotonです。 今回はSingle Cell RNA-seq技術のうち、代表的なプロトコルについてご紹介します! レッツシングルセル!

第5回アメリエフオープンセミナー「シングルセルRNA解析の始め方:サンプル調製からデータ解析まで」開催のお知らせ!

4月18日(木)に「シングルセルRNA解析の始め方:サンプル調製からデータ解析まで」というテーマでオープンセミナーを開催いたします! 本セミナーでは、シングルセルRNA解析を始めるにあたり、留意する点や研究の始め方について、製品やサービスを提供する1…

バイオインフォマティクス・トレーニングサービスに新ラインナップ「Single cell RNA-seq解析」を追加しました!

バイオインフォマティクス・トレーニングサービスに新ラインナップ「Single cell RNA-seq解析」を追加しました! 詳しくはこちらの記事をご覧ください amelieff.jp

解析の専門家に実験的知識を添えて【シングルセル RNA-Seq】

シングルセル RNAシーケンスの分野で、ご相談により確実にお応えできるよう、 シングルセルのライブラリ調整を勉強してきました!

新製品「10x Genomics Chromiumデータ解析システム」をリリースしました!

新製品「10x Genomics Chromiumデータ解析システム」をリリースしました! 詳しくはこちらの記事をご覧ください amelieff.jp