今年の１月から東京ライフサイエンスインキュベーションセンター（TLIC）に入居させていただいています。 TLICは東京都が整備している創業支援施設であり、ライフサイエンス/バイオ/ヘルスケア関連産業のベンチャー企業が多数入居されています。 ここでは、…

次世代対応ビューワが続々と公開されていますね。 ここ https://ngslib.i-med.ac.at/node/57 の一覧だけでも18個もあります。 果たして、求めている機能を持ったビューワがこの中にあるのだろうか‥ 便利なビューワを見つけたらどんどん紹介していきすね。

キムです。 先週末に引越し作業（個人的な）が無事終わり、今週から新しい場所での生活がスタート しました。 しかも、引っ越した日から毎朝、窓から差し込む朝日のおかげ（せい？）で5時半に目が覚めます。 国立天文台 天文情報センター 暦計算室 http://ww…

今週も、IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 今日は、index機能を使います。 IGVでBAM file(.bam)やSAM file(.sam)を表示するには、 ・positionでsortする ・indexを付ける 必要があります。 index情報は、BAM i…

キムです。 最近読んで面白かった本のご紹介です。 バビロンの大富豪―「繁栄と富と幸福」はいかにして築かれるのか [単行本] George S. Clason (原著), 大島 豊 (翻訳) 1926年に書かれた本です。寓話調で書かれています。 お金に関する考え方を学べるとても…

今日は、IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 Tile機能を使って、大きなサイズのファイルをバイナリファイル(.tdf)に変換します。 IGVで表示するときに拡大や画面移動がスムーズになります。 対応しているファイ…

今日は、IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 まず、sort機能を使って、start positionで並び変えます。 対応しているファイルは下記の通りです。.cn, .igv, .sam, .aligned, .psl, .bed, and .vcf IGVからigvtoo…

キムです。お久しぶりです。 今週は、IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 以前、「igvtools単体を起動させる」方法と「IGVからigvtoolsを起動させる」方法についてお話ししました。 機能についてはこちらをご参…

都内に住む自分たちに出来ることは何か？ ・節電に取り組むこと ・買い占めしないこと ・募金すること ・何よりも自分の仕事を精一杯すること だと考えています。 節電は、アニメ「エヴァンゲリオン」に登場する、日本中の電力を束ねて長距離電磁砲を撃つと…

テレワーク三日目ですが、やりたいことの8割はできているようにおもいます。 社員間のコミュニケーションが致命的である以外は深刻な問題はないですね。 ただ、VPN経由なのでファイルサーバーからのファイル転送が少々遅いことがネック（社内ネットは1GbE）…

全社員テレワークというのは、会社として初めての取り組みになります。 SkypeとVPN、クラウドによって通常よりは不便なものの、デジタル化されている社内リソースには特に問題なくアクセスできます。 年度末ということもあって仕事はたてこんでいますが、打…

本日は、電車が動かず出社できない1名を除いて、緊急の社内会議。 今週の水曜日からの三日間は自宅待機＆テレワークとすることを決定しました。 業務は制限がある中でも継続しております。 ご連絡はメールやホームページ上のお問い合わせからお願いいたしま…

アメリエフの山口です。 地震の被害があまりにも大きく、徐々に明らかになる被害状況に心苦しくおもいます。 被害に遭われた皆さまにはお見舞い申し上げます。 東北地方には弊社のお客様やお取引会社様が多数いらっしゃいます。一部では連絡が取れ、全員無事…

キムです。 今日は本のご紹介です。 かばんはハンカチの上に置きなさい ―トップ営業がやっている小さなルール ― 川田 修 (著) 著者は、「ちょっとだけ違うこと」を徹底することで、プルデンシャル生命・営業の最高峰であるエグゼクティブ・ライフプランナー…

IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 igvtoolsは、IGVに入力する前にデータの前処理を行うツールです。 ■sort start positionで並び変えます。 ソート済みのファイルを入力するように求められた場合、この機能を…

キムです。 今週は、IGV（Integrative Genomics Viewer）のigvtoolsについてご紹介したいと思います。 今日は、起動方法についてお話します。 起動方法１「igvtools単体を起動させる」 igvtools_nogenomes_(バージョン番号)/IGVTools/igvtools_gui.batをクリ…

はじめまして。 事務担当Yと申します。 これからは、私もブログを書かせていただきます。よろしくお願いします。 とりあえず、初ブログなので私のとある休日を紹介します。 3/5(土)〜6(日)で新潟県妙高高原「池の平温泉スキー場」へ行ってきました。 子供の…

キムです。 昨日の続きになりますが、東京都恩賜上野動物園には、先日全ゲノムの解析が行われた日本古来の牛「口之島牛（くちのしまうし）」の他に「見島牛(みしまうし)」や、沖縄の在来豚の「アグー」および「アヨー」など、日本の在来家畜が数多くいるよう…

キムです。 東京農業大学と名古屋大学との共同研究で、口之島牛の全ゲノムの解析が行われ論文発表されましたね。 私は口之島牛（くちのしまうし）について知らなかったのですが、 鹿児島県のトカラ列島に位置する口之島に生息していて、しかも野生化している…

IGV（Integrative Genomics Viewer）の表示機能をご紹介します。 データパネル ■フィルタ メニューバーの「Tracks」をクリックします。「Filter Tracks...」をクリックすると、「Filter Tracks」ウィンドウが立ち上がります。 条件を設定します。 「+」をク…

IGV（Integrative Genomics Viewer）の保存機能についてご紹介します。 xmlで保存する メニューバーの「File」をクリックします。「Save Session...」をクリックすると、「Save Session」ウィンドウが立ち上がります。 お好きな名前（デフォルトはigv_sessio…