アメリエフ株式会社は、2011年6月16日（木）〜19日（日）に京都大学百周年時計台記念館で開催される、「第60回日本医学検査学会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 遺伝医学合同学術集会2011 第35 回日本遺伝カウンセリン…

6月25日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回のテーマは、「次世代シーケンサー(NGS)による多型解析入門」です。 実験をメインに研究をされている方が、バイオインフォマティクスに取り組もうと考えている、もしくは取り組み始…

今週末の土日（5/28〜29）に開かれるNGS現場の会 第一回研究会に参加します。 会社からは私を含め2名での参加です。 参加者は、当初予定の60人からなんと100人余りになっているそうです！ しかも全員がポスター発表をしないといけないというルールまでありま…

こんにちは。タノです。 昨日のブログでは、弊社で作成した“QuickPrimer”の1つ目の機能であるTarget機能について紹介させていただきました。 本日は、2つ目の機能であるTandem機能について紹介します。よろしくお願いします。 あるゲノムの広範囲(数kb)に渡…

こんにちは。タノです。 今日の東京は、とてもお天気に恵まれていました。思わず鼻唄が出てしまいました。 昨日のブログでは、Primer設計ソフトである“QuickPrimer”を開発中であることをお伝えしました。 本日は、“QuickPrimer”に含まれるTarget機能について…

こんにちは。タノです。 本日からPrimer設計ソフトに関する記事を書いていきます。よろしくお願いします。 ある先生からこんなことを言われました。 「Primerを設計するときはさ、配列マップを見ながら目的の配列に近い部分を探して、GC含有量やTmを考慮しな…

はじめまして。 4月からアメリエフ株式会社 バイオインフォマティクス事業部の新入社員となりました、タノです。 よろしくお願いいたします。 今回が私にとって初めてのブログ投稿です。 “ついに来たか！！”という心境で、緊張していますがそれと同時に、よ…

BEDファイルを作成してIGVで表示してみましょう。 １．下記の一行を書き込みtest.bedとして保存します。chr22 1000 5000 cloneA 1000 + 1000 5000 255,0,0 2 500,250 0,3500２．IGVを起動します。メニューバーの「File」をクリックして「Load from File..」…

以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しました。 「BEDファイル」とはどんなファイルなのか、続きを書きたいと思います。 ファイルに記入できる情報以下の通りです。 １．chrom ２．chromStart ３．chromEnd ４．name ５．score ６．strand ７．thickStart ８…

昨日は、UCSC Table Browserの簡単な紹介をしました。 UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables お手元のゲノムブラウザで、特定のデータをアノテーションとして表示させたい場合は、BEDというファイル形式でダウンロードすると良いかもしれません。 B…

ゲノムのアノテーションデータを、お手元にダウンロードしたい時は、 UCSC Table Browserが便利です。 UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables ファイル形式も、8種類から選択できます。

アメリエフ株式会社ホームページの 「次世代シーケンサーのデータ解析受託サービス」ページで より詳細なサービス内容をご覧いただけるようになりました。 弊社では、データ解析の受託に加え、「パイプライン構築/解析ツール開発」も承ります。研究室内に処…

キムです。 「アメリエフの社員ブログ」を始めたのが、2010年5月7日。 あっという間に、1年が経ちました！ 改めて見返してみると、R、PLINK、Primer3、NGS対応ゲノムブラウザなど、いろいろな題材をクローズアップしていました。 ご意見やご要望などがござい…

以前、BEDToolsについて簡単にご紹介しましたが、今日は「BEDファイル」についてお話します。 UCSC Genome Browserではアノテーションが図のように表示されますね。 オリジナルのアノテーションを追加したいとき、BEDファイルを作成してカスタムトラックとし…

気象庁が、梅雨入りと梅雨明けの情報をHPで公開しています。 ■過去のデータ 梅雨入りと梅雨明け（確定値） http://www.data.jma.go.jp/fcd/yoho/baiu/index.html ■今年のデータ 梅雨入りと梅雨明け（速報値） http://www.data.jma.go.jp/fcd/yoho/baiu/sokuh…

今日は、BEDToolsを簡単にご紹介いたします。 URL:http://code.google.com/p/bedtools/ BEDToolsは、NGSのデータ解析で役に立つツールです。 まず、bamToBedを使って、BAMファイルをBEDファイルに変換する作業をしてみましょう。 igvで表示すると下記のよう…

キムです。 中学校の時に読んで衝撃を受けた本を、GWに読み返してみました。 自分の中に毒を持て―あなたは“常識人間”を捨てられるか [文庫] 岡本 太郎 (著) 岡本太郎さんの絵画や彫刻同様、読むとエネルギーが湧いてきます。 お仕事モードに切り替えて、今月…

今日から5月ですね。 会社の決算は12月末なので、第2四半期（4月〜6月）も2ヶ月目となりました。本当にあっという間です。 知人のTwitterによると、GW＝ゴールデン・ワークだそうです。 うまいこと云うな〜と関心しました。 長期休暇期間は勉強にも仕事にも…