R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子（DEG）を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説！

アラインメントファイル（BAM）から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル（BED）を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう！【コマンド例あり】

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開！

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

日本分子生物学年会にて、入門者向けのセミナーを行いました（ででん！） 年会に参加登録した方は2021/01/29 まではアーカイブとしてご覧いただけます。

全ゲノムFASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAの入力が必要な解析ツールってありますよね🥺全ゲノムFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに作れます💫

眠ったままのデータはありませんか？アメリエフに相談して、気持ちよく年末を迎えましょう！

これでできそう！と思っても結果をよく見てみると思ったのと違うこともある．横着せず，プログラムが指定するちゃんとしたフォーマットのファイルを入力しましょう

SnpSift filterでsnpEffの複雑に見えるアノテーション結果をフィルタします。

Rをソースからビルドしてインストール！！ （語感がルー◯柴感ある）

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします！

Anaconda, Reseq, 環境構築

AnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築！YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

「あれ？この遺伝子どこにあったっけ？」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について！

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。