アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

バイオインフォマティクス

【機械学習】乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する【Python】

必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築!

【R】染色体上の着目箇所を可視化

染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介!

【R】ヒートマップのカラースケールの調整方法

カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介!

【シングルセル解析】各サンプルの細胞割合を積み上げ棒グラフで描画

各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介!

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(4/4)

nf-coreで公開されているNextflowパイプラインをカスタマイズする方法について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(3/4)

Nextflowを利用して、RNA-seqパイプラインを実行する方法について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(2/4)

Nextflowの基本的な使い方について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(1/4)

バイオインフォマティクス解析で使用されるNextflow言語について解説

【シングルセル解析】サンプル間で共通するマーカー遺伝子の検出方法

シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!

TrimmomaticによるBGISEQデータのアダプター配列除去方法について

BGIシーケンサーデータに対する問い合わせが増えてきたため、Trimmomaticを使ってアダプター配列除去を行う方法をお教えします。

Reactome において第二階層のパスウェイを検索する方法

Reactome のデータを使うことで、第二階層のパスウェイを検索する方法を紹介!

Volcano Plot を綺麗に描きたい

R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。

EBSeqの使い方(三群以上の多群比較)

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Reactome Pathwayの最上位カテゴリを自動的に検索する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

LiftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

Rで遺伝子名をIDに変換する

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Pythonで配列アライメントおよび分子系統樹を書く

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

bamファイルのPPタグ

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

sedコマンドで染色体名を変更する方法

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

single cell RNA-Seqデータから コピー数変異を予測

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

VCFファイルをPythonで扱う(cyvcf2の紹介)

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

2020年分子生物学会年会バイテクセミナーで発表しました

日本分子生物学年会にて、入門者向けのセミナーを行いました(ででん!) 年会に参加登録した方は2021/01/29 まではアーカイブとしてご覧いただけます。