アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

バイオインフォマティクス

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Reactome Pathwayの最上位カテゴリを自動的に検索する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

LiftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

Rで遺伝子名をIDに変換する

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Pythonで配列アライメントおよび分子系統樹を書く

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

bamファイルのPPタグ

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

sedコマンドで染色体名を変更する方法

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

single cell RNA-Seqデータから コピー数変異を予測

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

VCFファイルをPythonで扱う(cyvcf2の紹介)

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

2020年分子生物学会年会バイテクセミナーで発表しました

日本分子生物学年会にて、入門者向けのセミナーを行いました(ででん!) 年会に参加登録した方は2021/01/29 まではアーカイブとしてご覧いただけます。

Pythonで全ゲノムFASTA=>染色体毎FASTAを作成してみた

全ゲノムFASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAの入力が必要な解析ツールってありますよね🥺全ゲノムFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに作れます💫

データの大掃除はいかが?

眠ったままのデータはありませんか?アメリエフに相談して、気持ちよく年末を迎えましょう!

Bedtools intersectに指定されたフォーマット以外のファイルを入力して,出力結果がおかしくなった話

これでできそう!と思っても結果をよく見てみると思ったのと違うこともある.横着せず,プログラムが指定するちゃんとしたフォーマットのファイルを入力しましょう

snpEffとSnpSiftのfilter

SnpSift filterでsnpEffの複雑に見えるアノテーション結果をフィルタします。

手っ取り早くRをビルドしてインストールする

Rをソースからビルドしてインストール!! (語感がルー◯柴感ある)

バイオインフォマティクスをリモート講義で学習💻実際どんな感じ?

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします!

簡単♪環境構築② Reseq環境を作ってみる編

Anaconda, Reseq, 環境構築

簡単♪環境構築① 入門編

AnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築!YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。

reseq 解析超入門

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

遺伝子シンボルから遺伝子領域ファイル(BED)生成

「あれ?この遺伝子どこにあったっけ?」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について!

FastQCをたくさんかけたら・・・| FASTQのクオリティコントロール

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

FASTQをペアリードに分割する

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから

微生物ゲノムの環状可視化ツール

web上で手軽に利用できる微生物ゲノム情報の環状視覚化ツール「CiVi」の使い方をご紹介!

bcftools queryでVCFから情報を抽出する

bcftools queryを使うと、VCFまたはBCFから、任意の形式で列を抽出して出力することができます。例えば好きな列だけ拾ってタブ区切りテキストに。めちゃ便利! 最後に読者への挑戦(?)もあるよ

bcftools簡単説明

bcftoolsは、NGSを用いた変異解析で用いられる、変異を記述するVCF(variant call format)形式のファイルを扱うためのユーティリティです。多機能かつ結構速い。よく使う機能を解説します♪