scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!
アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。
edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】
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