Volcano plotを描くために、SeuratのFindmarkers() 関数のオプションを少し工夫します。

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

巷で噂の知らないとおじさん？なLinuxコマンドをまとめました。Linuxエンジニアとしては、最新のLinuxコマンドやオプションを随時アップデートしたいものです。

PythonライブラリのSeleniumでスクレイピングを行う方法を細かく解説します。情報収集や業務効率化に役立ちます！

rcloneを使ってLinuxサーバから直接Googleドライブを参照します。

はてなブログ10周年特別お題「はてなブロガーに10の質問」 10周年おめでとうございます！編集者Fが勝手に答えます🎁

Sambaのインストール、confの書き方まで共有ディレクトリの作成方法を大解説！

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)！

環境構築でよく見るあの子（エラー）に出会っちゃったときの対処法を紹介しました✨

Tera Termを便利に使ってみよう。

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

venvで仮想環境構築

rcloneを使って、OneDriveのファイル・フォルダをLinuxサーバから参照する

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

SSH接続のタイムアウトを防ぐ

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

Windows PCのコントロールパネルを見やすくする

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します

linux サーバーのユーザーアカウントを、パスワード認証で一時的にログインできなくさせる術

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

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Windows PCを使ってサーバに接続してみよう

pythonの`import`を用いると、パッケージを読み込んで様々な関数を使えます。 自分で定義した他のpythonプログラムもimportできます。長いプログラムを書くときや、機能別にファイルを分けたいときに便利！