平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 年末年始と全社研修による休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 2014年12月27日（土）〜2015年1月4日（日）まで 2015年1月5日（月）10：00〜18…

第40回勉強会他で使用した「フリーソフトではじめるChIP-seq解析」の資料をSlideShareにアップロードしました。 次世代シーケンスリードのQCから、ゲノムマッピング、ChIP-seqピーク検出ソフトMACSの使い方まで、コマンドを交えてご紹介しています。 フリー…

日頃より、「アメリエフのブログ」をご愛読いただきありがとうございます。 本日、弊社ホームページ(http://amelieff.jp/)のリニューアルを行いましたのでお知らせいたします。 リニューアルに伴うトップページアドレスの変更はございませんが、情報の整理・…

ブログ執筆陣に「kubo」と「kubor」がいることにはお気づきでしょうか。名前が似ていて紛らわしいですが、社内でもときどき混乱しています。 今回は r がつかないほうのkuboです。毎日寒いですね。 今年の冬は、一気に本格的な寒さへ突入したような印象があ…

こんにちは。Kitanoです。 突然ですが、皆さんは「CentOSにおける2TBの壁」というものをご存知でしょうか？ これは、サーバ構築時やfdiskコマンドによるパーティション作成の際に、2TB以上のパーティションの作成ができないという問題を示した言葉です。 つ…

12月18日(木)に、福岡朝日ビルB1 15号で開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会では、九州大学 生体防御医学研究所の須山先生にご講演いただきます。 これからNGS解析（特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析）を始めたい…

先日鈴鹿サーキットに初めて行ってきた久保（kubor）です。レーシングカーのスピードもさることながら、時の流れも早いもので、僕がアメリエフに入社して2ヶ月が経ちました。これからもどうぞ、よろしくお願いいたします。 さて、SeqCap Epi連載第5回目の今…

本日より入社いたしました、山本（ymm）と申します。 大学時代は政治経済学部にて学びました。 ですので、本日初めて出社し社内のいろいろな情報を拝見し、これまで触れたことのない分野の内容に驚いております。 そんな私がアメリエフ株式会社に興味を持っ…

先日、VCF format③の記事に一部誤りがあるとご指摘を受け、記述を訂正いたしました。 VCFのGTに関する解釈についての部分です。 VCFのフォーマットのGTやPLの解釈については、こちらのページ、GTとPLの関係についてはGATKのガイドを参照しています。 当ブロ…

findコマンドの-execオプションを使うと、findの結果を他のコマンドで実行することができます。 例：現在のディレクトリにある *.gz ファイルを全て解凍する $ find . -name '*.gz' -exec gunzip {} ¥; ・findの結果が{}に入ります。 ・末尾の「¥;」の前には…

現在船堀にて開催中の日本人類遺伝学会の一般口演で発表いたします。 11月22日（土）9:45〜10:40の、腫瘍遺伝学2のセッションです。 WGSを用いたがん体細胞変異検出について、弊社の社長が発表いたします。 時間制限があるため概要の説明にはなりますが、ぜ…

アメリクとは…… バイオ研究の解析に使用するソフトや解析手法について、無償で調査するサービスです。 調査結果はアメリエフのブログでご紹介いたします→ソフトの紹介例 「学会で●●というソフトについて聞いたけど、どんなソフトだろう？ メリットやデメリッ…

これからNGS解析（特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析）を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。今回は特に、SeqCap Epi CpGiant Enrichment …

SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。 例えばあるリードがFLAG＝12だった場合、12は2進数で1100となり、 SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で 「相方がマッ…

「Trick or treat!!シーケンシングデータをくれないといたずらしちゃうぞ!!」 ということで記事執筆時の今日はハロウィンですが、ジャック・オ・ランタンはいままで作ったことがない久保です（kubor）。新しい解析方法を試してみたいけど、最適な公開データ…

学生時代ですと今頃の時期は、実験圃場のイネの刈り取り時期を気にしている頃ですが、今年は来月の学会の準備ばかりを気にしているバイオインフォマティクス事業部の久保（kubor）です。 さて、3回目のSeqCap Epi連載ですが、今回からはまだアメリエフブログ…

書評合戦、またはビブリオバトルというものご存知でしょうか？ 何人かで順に、自分の好きな本を5分間の持ち時間の中でアピールし、それぞれの発表についてディスカッションを行った後、最終的に誰がアピールした本を読みたくなるか競うというゲームです。 非…

前回に引き続き、SeqCap Epi連載の第2回です。 今回は、SeqCap Epiによる実験データをどのように解析していくのか、ご紹介いたします。用いるソフトはすべてオープンソースのフリーウェアです。 このパイプラインでは、SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit（…

DNAのメチル化解析手法はこれまでマイクロアレイや、リアルタイムPCRを使用したものがありましたが、どれも解析可能なゲノム範囲に限りがありました。 しかし、NGS（次世代シーケンサー）を使用するSeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit（ロシュ・ダイアグノス…

FastQCにv0.11.1から次のチェック項目が追加されています。 ・Per tile sequence quality タイル単位のクオリティが出せるようになりました。 ・Adapter Content これまではOverrepresented sequencesでアダプタも確認していましたが、アダプタ混入率を示す…

アメリエフブログをご覧の皆様、はじめまして、10月1日より入社致しました。 久保（kubor）と申します。 京都支店に勤務しています。 #自己紹介 大阪府堺市の出身です。刀鍛冶と鉄砲が有名です。僕は、さすがに刀と鉄砲に縁はありませんが、刀鍛冶の技術を活…

9月25日〜9月27日にかけて横浜で開催された第73回日本癌学会学術総会のポスターセッションに参加させていただきました。 テーマは、次世代シーケンスデータを用いた高精度の体細胞変異検出ワークフローについてです。 公開データを用いた、体細胞変異検出ソ…

2014年10月2日（木）〜4日（土）に仙台国際センターで開催される、 「第３回生命医薬情報学連合大会」にて講演させていただきます。 学会名 ：第３回生命医薬情報学連合大会 開催期間 ：2014年10月2日(木) 〜 4日(土) 会場 ：宮城県仙台市 仙台国際センター …

はじめまして 2014年10月に入社致しました ohtay と申します。 自己紹介をさせていただきます。 ・出身地 群馬県 -だるま弁当が有名です! ・高校 商業校 -「地域活性のためにどうする?」という研究を行いました ・専門学校 情報系 -OracleDBとシステム情報の…

バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース にて一部の講義を担当させていただきました。 シェルスクリプト・Perl ・日時：2014年9/3（水）・9/4（木） ・講師：服部 次世代シークエンサ実習 ・日時：2014年9/10（水）…

Rでgrep 続・Rでgrep grepのこんなオプション grepを数えるオプション 普段解析でよく使うコマンドのためか、このブログはgrepネタが多い気がします。 ということでまたgrepネタです。 grepで特定の文字列を含む行を抜き出す場合、文字列を¥|でつなげること…

アノテーションソフトsnpEffが1.4.0にバージョンアップしました。 GRCh38/hg38に対応しています。待ってました。 まだ安定ではないようで、頻繁にマイナーバージョンアップを繰り返しています(2014-09-25現在、最新バージョンは1.4.0 Eです)が、早く新しいゲ…

だんだん肌寒くなってきましたね。kitanoです。 私が入社して3週間になろうとしていますが、今回はその中で私が初めて知った言葉をひとつピックアップして解説していこうかと思います。 その言葉とは「ClinVar」です。 ヒトの研究に携わっていらっしゃる方々…

RNA-seqデータを高速にマッピングするソフトウェアSTARについて ご紹介します。 A. Dobin et al, Bioinformatics 2012; doi: 10.1093/bioinformatics/bts635 "STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner" ◆STARのインストール $ wget http://STAR.googlecod…

ソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。 なぜか解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。 しかし、ログを流しっぱなしにしては、後…