2010-11-01から1ヶ月間の記事一覧
今週は、第三世代シーケンサーについて少し調べて書いていこうと思います。 ３つのテクノロジー革新でSingle Molecule Real Time sequencingを実現したPacific BiosciencesのPACBIO RSや、 PostLight sequencing技術で期待を集めているIon Torrent Systemsに…
先々週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 Primer3のGUIフロントエンド」について、多数のお問い合わせをいただいております。 この場を借りてお礼申し上げます。 Web版やコマンドライン版、有償のプライマー設計ソフトはいくつか存在しますし、バクテ…
今週は、第二世代シーケンサーを比較する際のポイントについて、とりとめなく書いてきたので、そろそろまとめたいと思います。 ・データ量（リード長、目標リード長、タグ数） ・コスト（サイズ、導入、維持、ランニング） ・時間（ハンズオンタイム、ランニ…
今日も第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 Complete Genomics社のサービスが、とても興味深いので触れておこうと思います。CGA™ Service (Complete Genomics Analysis Service) は、包括的な受託サービスを目指しています。 つまり、 ・シー…
第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 各社ともにリード長を延ばす努力を行っています。 今年の目標は Roche 454 1000base Illumina 150base ABI SOLiD 100baseでした。 他にも、 GS Junior Bench Top System SOLiD PI Systemなど、 ベンチトッ…
先週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 PLINKのフロントエンド」についてご質問をいただいております。 マイクロアレイがそうであったように、SNP解析も一般的な技術になってきておりますが、マイクロアレイほどにはデータ解析ソフトが普及していない…
現在社内では、新サービスのご提供に向けて準備中です。 そのうちの２つは、フリーソフトとして公開させていただく予定です。 1つめは、Windows版PLINKのフロントエンド（GUIインターフェース）で、2つめは、Windows版Primer3のフロントエンド（GUIインター…
第二世代シーケンサーと呼ばれる Roche 454 Illumina ABI SOLiD を比較する際のポイントを挙げてみます。 ・1ランあたりのデータ量（リード長、タグ数） ・コスト（導入、維持、ランニング） ・時間（ハンズオンタイム、ランニングタイム） ・精度 でしょう…
社長のリクエストにお応えして、まずはPlatformごとに書いていこうと思います。 Roche 454 Illumina HiSeq 2000 ABI SOLiD Helicos Complete Genomics Polonator Pacific Biosciences SMRT Ion Torrent ざっと書いてみました。 次世代シーケンサーも多様にな…
私の探し方が悪いのかもしれませんが、次世代シーケンサーのデータ解析について、日本語で網羅的に記述されたものが無いように感じます。 弊社でも次世代シーケンサーのデータ解析や、二次解析・三次解析用のパイプラインを構築しているので、社内でまとめた…
弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が ご好評をいただいております。 たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。 ありがとうございます。 ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲ…
今日は、IGV（Integrative Genomics Viewer）をご紹介したいと思います。 IGVは、米Broad Instituteによって作成されたゲノムブラウザです。 Javaで作成されているので、使用する際はJavaをインストールしておく必要があります。サイトはこちらです。 画面は…
一昨日は、UCSC GenomeBrowserでCNVデータのカスタムトラックを作成しました。今日は、図を少しアレンジしたいと思います。 通常ヒトの細胞には、父由来と母由来の2コピーの遺伝子があると考えられていますが、実際は遺伝子のコピー数が、1コピー以下に減っ…
昨日は、CNVデータのカスタムトラックを作成しました。 bedGraphフォーマットでデータを入力しましたね。track type=bedGraph name="Tsp1_dup" yLineOnOff=on yLineMark=0.0 description=" " visibility=full color=200,100,0 altColor=200,50,0 chr7 682701…
１．UCSC のサイトにアクセスして、Genome Browserに移動 Genome Browserボタンをクリック ２．カスタムトラックを作成 manage custom tracksボタンをクリック ３．ゲノム情報を選択 clade、genome、assemblyをクリックメニューから選択 ４．データを入力 tr…
今日は、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)のBioinformatics Teamによって開発・運用されている「UCSC Genome Browser」について、簡単にご紹介したいと思います。 魅力的な点は、 １．検索が高速 ２．多様なアノテーション ３．データベースと…
キムです。 お久しぶりです。 明日から、「UCSC GenomeBrowser」と「IGV（Integrative Genomics Viewer）」を使って、いろいろなデータを表示していきたいと思います。 ・UCSC GenomeBrowser http://genome.ucsc.edu/ ・IGV（Integrative Genomics Viewer） …
アメリエフ株式会社の山口です。 12月4日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 今回のテーマは、「バイオ研究者のためのLinux入門」です。 Linuxのインストールから、BLAST、Primer3などのフリーソフトのセットアップとデータベー…
次世代シーケンサーの一つ、ライフテクノロジーズのSOLiDのデータ解析をしています。 オープンソースの解析ソフトは多数公開されていますので、そのソフトをつなぎ合わせて目的の解析をするパイプラインを構築するのですが、そのパイプラインの途中に組み込…
会社HPの一部リニューアルを準備しています。 サービスの構成を整理し、わかりやすくまとめたページを準備しておりますので、公開まで数日ほどお待ちください。 弊社のサービス・製品紹介は、まずチラシを作成し、そのデザインをベースにHPを作成しています…
先週末の土曜日に、無事「日本人類遺伝学会 第55回大会」が終了しました。 最終日はあいにく台風が近づいているせいもあって、来場者はあまり多くはなかったようにおもいます。 企業展示ブースはポスター発表会場と同じ場所なのですが、ポスター発表が2日目…
