NGS解析では、同じ処理を行うのにいくつものソフトウェアがあって、どれを使ったらいいのか迷うことがあります。 例えばBAMファイルをゲノムポジションでソートする場合、以下の選択肢があります。 1. samtools sortを使う 2. picard toolsのSortSam.jarを使…

自宅のMacBookにUbuntuを入れてみました。 既存のOSXを再インストールする必要もなく、あっけないくらい簡単でした。 手こずったのは最初家のWifiを認識しなかったことくらいですが、有線LANにつないでapt-getでアップデートしたらつながるようになりました…

本日は、文献管理ソフトの一つであるMendeleyを簡単にご紹介したいと思います。 最近、論文を読む機会が増えてきたので論文管理ソフトを探していました。論文管理ソフトと言えばEndNoteが有名ですが、値段が高いことがネックです。そこで、フリーの論文管理…

第22回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会は下記の2部構成で開講させていただきます。 第一部：「はじめてのLinux」 第二部：「Exomeデータ解析入門＠東京」 第一部はLinuxの超入門編です。基本的なコマンド操作の方法をご紹介いた…

linuxには、処理中の一時ファイルを出力する/tmpや/var/tmpというディレクトリがあります。 巨大ファイルのソートなど、一時ファイルを大量に出力する処理では、/tmpディレクトリの空き容量が足りないと処理が止まります。 そんな時の解決策をまとめてみまし…

寒い冬から暖かい春にそろそろ移り変わろうとしていますが、皆様はいかがお過ごしでしょうか。 春といえば、花見、歓送迎会、新しい出会いなどいろんな言葉が思い浮かびますが、私のなかで最も比重が大きい言葉は花粉症です。 私は小学生の頃から花粉症を患…

hatです。 先週末、外部の方にいらしていただいて、社内研修を受けました。 テーマは「お互いをもっと良く知って、一体感のあるチームになろう！」 診断テストやいくつかのワークを通して 考え方のくせや価値観が明確になりました。 私の考え方のくせは「右…

第21回バイオインフォマティクス勉強会「バイオ研究者のためのR活用講座」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！

アメリエフ株式会社は、2013年3月15日（金）〜17日（日）にパシフィコ横浜で開催される、「第77回 日本循環器学会学術集会」に出展いたします。 皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第77回 日本循環器学会学術集会 ホームページ：http://www2.…

既にアナウンスさせていただいておりますが、 3/23（土）に第21回バイオインフォマティクス勉強会「バイオ研究者のためのR活用講座」を開催いたします。 たくさんの方にお申し込みをいただきありがとうございました。 空席残り僅かですので、ご検討中の方は…

本日は、弊社が slide share に新しく公開した「次世代シーケンス解析サーバー Reseq解析GUIマニュアル」をご紹介いたします。 この資料は、弊社で販売しております次世代シーケンスデータ解析サーバーのマニュアルの一部です。 Linux上であってもWindowsと…

突然ですが、あなたはSEです。次のような時、どうしますか？ ・A、Bというプログラムがある。 ・Aは3時間、Bは6時間かかる。 ・Bは、Aが完全に終わらないと開始できない。 ・明日の昼までにBを終わらせる必要がある。 ・Aは現在実行中で、あと2時間はかかる…