IGVのちょっと便利な機能に気づいたのでご紹介します。 ゲノム上の目的の領域の配列を、IGVだけを使って取得してみましょう。 IGVのバージョンは2.3.3で確認しました。 1. BEDで指定したfeatureの配列を取得する ChIP-seq解析で出力したピーク（BED形式）上…

TopHat-Fusionは、マッピングソフトのTopHatから派生した機能で、融合遺伝子を検出するのに広く使われています。 TopHat-Fusionを実行すると、fusions.outという候補となるポジションやリード数などの情報が出力されます。fusion.outの説明は、NGS Surfer's …

コピー中にあとどれくらいか知りたい時があるんです、 特に`cp -v`を忘れた時に有用 Xfennec/progress 調べたら、こちらのprogressを使うと簡単にできますダウンロード$ git clone https://github.com/Xfennec/progress.git Initialized empty Git repositor…

弊社が一部講義を担当した平成27年度NGSハンズオン講習会のアンケート結果を、事務局のかたから送っていただきました。 私が担当したSh、Perl、Pythonに関しては、「易しいと思っていたらいきなり最終課題が難しくなった」というご意見が多かったです。 実は…