アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2014-11-01から1ヶ月間の記事一覧

findの-execオプション

findコマンドの-execオプションを使うと、findの結果を他のコマンドで実行することができます。 例:現在のディレクトリにある *.gz ファイルを全て解凍する $ find . -name '*.gz' -exec gunzip {} ¥; ・findの結果が{}に入ります。 ・末尾の「¥;」の前には…

JSHG出展のお知らせ

現在船堀にて開催中の日本人類遺伝学会の一般口演で発表いたします。 11月22日(土)9:45〜10:40の、腫瘍遺伝学2のセッションです。 WGSを用いたがん体細胞変異検出について、弊社の社長が発表いたします。 時間制限があるため概要の説明にはなりますが、ぜ…

アメリクのご紹介

アメリクとは…… バイオ研究の解析に使用するソフトや解析手法について、無償で調査するサービスです。 調査結果はアメリエフのブログでご紹介いたします→ソフトの紹介例 「学会で●●というソフトについて聞いたけど、どんなソフトだろう? メリットやデメリッ…

12月上旬に開催!バイオインフォマティクス勉強会のお知らせ

これからNGS解析(特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析)を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。今回は特に、SeqCap Epi CpGiant Enrichment …

SAM/BAMのフラグの意味を教えてくれるサイト

SAM/BAMのFLAG列には、そのリードまたはペアとなるリードの マッピング状態に関する情報がビットの和で示されています。 例えばあるリードがFLAG=12だった場合、12は2進数で1100となり、 SAM Specによると「マップされなかったリード」は0x4で 「相方がマッ…

SeqCap Epi連載[4]|BSMAPでバイサルファイトシーケンスのマッピング

「Trick or treat!!シーケンシングデータをくれないといたずらしちゃうぞ!!」 ということで記事執筆時の今日はハロウィンですが、ジャック・オ・ランタンはいままで作ったことがない久保です(kubor)。新しい解析方法を試してみたいけど、最適な公開データ…

SeqCap Epi連載[3]|Trimmomticでシーケンシング用アダプターを除去

学生時代ですと今頃の時期は、実験圃場のイネの刈り取り時期を気にしている頃ですが、今年は来月の学会の準備ばかりを気にしているバイオインフォマティクス事業部の久保(kubor)です。 さて、3回目のSeqCap Epi連載ですが、今回からはまだアメリエフブログ…

ビブリオバトル

書評合戦、またはビブリオバトルというものご存知でしょうか? 何人かで順に、自分の好きな本を5分間の持ち時間の中でアピールし、それぞれの発表についてディスカッションを行った後、最終的に誰がアピールした本を読みたくなるか競うというゲームです。 非…