アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2010-01-01から1年間の記事一覧

年末年始休業のお知らせ

平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 平成22年12月29日から平成23年1月3日まで 【営業開始】 2011年は1月4日(月)より通常営業 年末年始…

「QuickGWAS Academic」リリースのお知らせ

ゲノムワイド関連解析ソフト「QuickGWAS Academic」を本日リリースしました。 「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「plink」のWindows版GUIインターフェースです。PCにインストールしてご利用いただけます。 ケース・コントロール関…

Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー5」

Ion Personal Genome Machine (PGM™) sequencerについて、この場を借りて、簡単にメモしたいと思います。 ・原理について 半導体チップ上の各ウェルでシーケンシングが行われる。 ヌクレオチドがポリメラーゼによってDNA鎖に取り込まれる時に、副産物として…

PLINKの使い方3

昨日に引き続き、SNP統計解析ソフトPLINKの、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 閾値に関するオプションを何個か紹介します。 --geno {0.01} 説明:Maximum per-SNP missing 集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。 1%以…

PLINKの使い方2

これまで何回か、SNP統計解析ソフトPLINKについて書きました。 QTL解析2(2番目の記事) PLINKの使い方1 今日は、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 ファイルのinput/outputに関するオプションを何個か紹介します。 1.PEDファイル作成…

Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー4」

Life Technologies社が、12月14日にIon Personal Genome Machine (PGM™) sequencerの発売を開始しましたね。 製品紹介には、3つのポイントが大きく書いてありました。 ・scalability massively scalable semiconductor technology ・simplicity natural bio…

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー4」

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー」として PACBIO RSについて少し書きました。 Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー1」 Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」 Next Generatio…

マネジメント

寒い日が続きますね。 毎年この時期になると「今年やり残したことはなんだろう」と考えます。 ブログを見返しながら、すっかり忘れていた本の存在を思い出しました。 P.F.ドラッカーの「マネジメント」です。 「もしドラ」に影響されて、本家を購入しますと…

毎日が勉強ですね

キムです。 今日は、社員全員参加で新聞記事プレゼンテーションを行いました。 日本経済新聞の記事をひとつ選択して、要点と考えを述べます。 ブログを書きながら、 高校時代に新聞に投書したこと(採用されず orz )、 大学時代に新聞記事をスクラップして…

Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー3」

今日は、Ion Torrent SystemsのPostLight sequencing technologyについて紹介したいと思います。 チップは、CMOS(complementary metal-oxide semiconductor:相補型金属酸化膜半導体)という半導体のチップを使用します。 CMOS(シーモスと呼ぶらしい)構造は…

引越してから一週間が経ちました

オフィス移転から一週間が経ちました。 水道橋駅周辺も便利でしたが、この浜松町周辺も別の意味で便利です。 オフィスが広くなったので、マグネットや文房具などの小物を補充しようと100円ショップを探したのですが、オフィス周辺には見つからず(探し方…

Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー2」

Ion Torrent Systemsのシーケンサーについて書こうと思います。 ケミカルデータを直接デジタルデータに変換するため、第三世代シーケンサーでは重要な技術であったカメラ/レーザー/スキャンが要らないのです。 そのため第四世代シーケンサーで使われている技…

分子生物学会に参加してきました

今年も分子生物学会に参加してきました。 昨年は横浜でしたが、今年は神戸でした。(来年は横浜に戻るそうです) 8日に始発の新幹線で神戸入りして、翌朝一番の飛行機で東京に戻ってくるという弾丸ツアーでしたが、非常に実りの大きい出張でした。 セッショ…

Next Generation Sequencing Platforms「第四世代シーケンサー1」

キムです。皆さまこんにちは。 今日は、オフィス家具の搬入やPCの設置などで、 経理のスタッフさんと大わらわでした。 とりあえずは、床に転がっている物はなくなったので、 分子生物学会に出張している山口さんに顔向けできそうです(笑) 昨日まで、第三世代…

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー3」

先週、PACBIO RSのSMRT(Single Molecule Real Time)シーケンシングを実現するための3つの技術革新とシーケンスオプションについて少し書きました。 彼らは、 ・flushing, scanning, washingステップが不要 ・PCR増幅が不要 ・長いシーケンス長(平均1000b…

会社移転のお知らせ2

キムです。 今日は朝から、お引っ越しをしました! 個人的には数回引っ越しを経験しましたが、 かつてこんなにスムーズに進んだことはありませんでした! 協力していただいた関係者の皆さま、ありがとうございました。 新しいオフィスは下記のとおりです。 …

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」

昨日から、PACBIO RSについて書いています。 テンプレートとなるSMRTbell libraryは、DNAサンプルの両端でループ状になるアダプターをライゲーションすることで作成されます。シーケンスオプションは下記の通り。 ・Standard sequencing 標準的なシーケンシ…

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー1」

PACBIO RSは、DNAポリメラーゼを利用することで、リアルタイム一分子シーケンシングを可能にしています。 ホームページに、SMRT(Single Molecule Real Time)シーケンシングを実現するための3つの技術革新について書かれていました。 簡単にまとめてみます…

会社移転のお知らせ

2010年12月6日(月)に、弊社オフィスが移転します。 移転先は浜松町駅近くです。 詳細は後ほどアナウンスさせていただきます。

Next Generation Sequencing Platforms「第三・四世代シーケンサー」

今週は、第三世代シーケンサーについて少し調べて書いていこうと思います。 3つのテクノロジー革新でSingle Molecule Real Time sequencingを実現したPacific BiosciencesのPACBIO RSや、 PostLight sequencing技術で期待を集めているIon Torrent Systemsに…

プライマー設計ソフト「Primer3」のGUIインターフェース

先々週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 Primer3のGUIフロントエンド」について、多数のお問い合わせをいただいております。 この場を借りてお礼申し上げます。 Web版やコマンドライン版、有償のプライマー設計ソフトはいくつか存在しますし、バクテ…

Next Generation Sequencing Platforms「第二世代シーケンサー4」

今週は、第二世代シーケンサーを比較する際のポイントについて、とりとめなく書いてきたので、そろそろまとめたいと思います。 ・データ量(リード長、目標リード長、タグ数) ・コスト(サイズ、導入、維持、ランニング) ・時間(ハンズオンタイム、ランニ…

Next Generation Sequencing Platforms「第二世代シーケンサー3」

今日も第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 Complete Genomics社のサービスが、とても興味深いので触れておこうと思います。CGA™ Service (Complete Genomics Analysis Service) は、包括的な受託サービスを目指しています。 つまり、 ・シー…

Next Generation Sequencing Platforms「第二世代シーケンサー2」

第二世代シーケンサーに関して書きたいと思います。 各社ともにリード長を延ばす努力を行っています。 今年の目標は Roche 454 1000base Illumina 150base ABI SOLiD 100baseでした。 他にも、 GS Junior Bench Top System SOLiD PI Systemなど、 ベンチトッ…

SNP解析パッケージ「PLINK」のGUIインターフェース

先週の金曜日にアナウンスしました「Windows版 PLINKのフロントエンド」についてご質問をいただいております。 マイクロアレイがそうであったように、SNP解析も一般的な技術になってきておりますが、マイクロアレイほどにはデータ解析ソフトが普及していない…

新サービスに向けて準備中です

現在社内では、新サービスのご提供に向けて準備中です。 そのうちの2つは、フリーソフトとして公開させていただく予定です。 1つめは、Windows版PLINKのフロントエンド(GUIインターフェース)で、2つめは、Windows版Primer3のフロントエンド(GUIインター…

Next Generation Sequencing Platforms「第二世代シーケンサー1」

第二世代シーケンサーと呼ばれる Roche 454 Illumina ABI SOLiD を比較する際のポイントを挙げてみます。 ・1ランあたりのデータ量(リード長、タグ数) ・コスト(導入、維持、ランニング) ・時間(ハンズオンタイム、ランニングタイム) ・精度 でしょう…

Next Generation Sequencing Platforms

社長のリクエストにお応えして、まずはPlatformごとに書いていこうと思います。 Roche 454 Illumina HiSeq 2000 ABI SOLiD Helicos Complete Genomics Polonator Pacific Biosciences SMRT Ion Torrent ざっと書いてみました。 次世代シーケンサーも多様にな…

次世代シーケンサーのデータ解析

私の探し方が悪いのかもしれませんが、次世代シーケンサーのデータ解析について、日本語で網羅的に記述されたものが無いように感じます。 弊社でも次世代シーケンサーのデータ解析や、二次解析・三次解析用のパイプラインを構築しているので、社内でまとめた…

ゲノムブラウザについて(番外編)

弊社のキムが連載している「ゲノムブラウザ」についてのブログ記事が ご好評をいただいております。 たくさんのアクセスを頂き、本当に嬉しいです。 ありがとうございます。 ゲノムマップを閲覧するビューアーのニーズは10年以上前からありましたが、ヒトゲ…