ヒトの新しいリファレンスゲノムGRCh38が公開されました。各染色体の長さや、N（不明塩基）の数がGRCh37→GRCh38で どのように変わったか調べてみました。

（前の記事） （次の記事） Human Genetic Variation Databaseで公開している日本人ゲノムデータの、データの確からしさの判断に使えそうな項目を見てみます。 配布されている圧縮ファイルをダウンロードし、解凍しますと、READMEとタブ区切りテキストの2つ…

先日、社内研修がありました。 その中で「アメリエフが提供する未来をレゴブロックで作る」 というグループワークがあり、大変に盛り上がりました。 「社内」を作りこむ人、「社外との関わり」が気になる人、 なぜか一心に車を作る人など、各自の個性が出た…

本日1月17日(金)12:00より、全社員研修のため営業をお休みをさせていただきます。 ご不便をお掛け致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願い申し上げます。

bwaバージョン0.7が去年の2月にリリースされて、 ほぼ1年が経とうとしています。 もう0.7に切り替えた方も多いのではないでしょうか。 bwa 0.7では、memというコマンドが使えるようになりました。 memは従来のbwaswの後継で、ロングリード（〜1Mbp）に使える…

CircosでSelfChainを描く（１） CircosでSelfChainを描く（２） のつづきです。 手順 （１）データファイル用意 （２）設定ファイル作成 （３）Circos実行 データファイルも設定ファイルも用意できましたので いよいよ「（３）Circos実行」を行います。 次の…

先日、構造多型を解析するツールについてご紹介しました。 (Paired-end/Split-read/Complex) これらのツールの一部は、解析の際、シーケンスデータのinsert sizeの入力が必要です。 自ら実験して得たデータならinsert sizeはわかると思いますが、公共のデー…

CircosでSelfChainを描く（１）のつづきです。 手順 （１）データファイル用意 （２）設定ファイル作成 （３）Circos実行 今回は「（２）設定ファイル作成」を行います。 以下のような内容のtest.confという名前のファイルを作成します。 <<include colors_fonts_patterns.conf>> <image> <<include etc/image.conf>> </image> karyotype </include>…

ヒト Exomeデータ解析の受託キャンペーンを開始いたします！ ご注文受付期間：2014.1.14〜3.31ご発注分まで 期間限定の特別価格でのご提供となりますので、Exomeデータ解析の外注をご検討されている方は、ぜひ一度弊社ホームページをご覧ください！ ご不明な…