2013-01-01から1年間の記事一覧
平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 2013年12月28日（土）〜2014年1月5日（日）まで 【営業開始】 2013年は1月6日(月)より通常営業 …
Circosを使ってみようでご紹介したCircosを使って、 以下のようなヒトのChainSelfの図を描いてみたいと思います。 手順 （１）データファイル用意 （２）設定ファイル作成 （３）Circos実行 今回は「（１）データファイル用意」を行います。 ChainSelfは、ヒ…
先月の11月12日、日本人のゲノム情報データベースHuman Genetic Variation Databaseが公開されました。このことは一般紙でも報道されました。 以前の連載でも、ゲノム情報のデータベース、特に人種や民族別のデータベースが、高スループットの遺伝子解析機器…
前回はbiomaRtパッケージを使って、「ADH1B」「ALDH2」遺伝子にGeneOntologyのアノテーションをつけました。 今回は、RamiGOパッケージを使って、それらのGeneOntologyIDがどのような関係にあるか、図示してみたいと思います RamiGOパッケージをインストール…
＿★ ＿▲ ▲▲▲ R Advent Calendar 2013に参加させていただいております。 ＿■ Bioconductorは、バイオ解析関連のRパッケージを集めたサイトです。 750個以上（2013年12月時点）の有用なパッケージが登録されています。 複数の遺伝子の特徴の傾向を見たい時に、…
ネスレのコーヒーマシン、バリスタ（左）とドルチェグスト（右）が 我が社にきました。 バリスタはインスタントコーヒーの粉を使うタイプ、 ドルチェグストはカプセルを入れ替えるタイプで、 おいしいコーヒーを気軽に飲むことができるので カフェイン中毒に…
VCFファイルの一番右側には、以下のようにジェノタイプ情報が記されています。 ---------------------------------------- #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2…
tokunagaです。 有言実行です。 第2回使ってみたシリーズです。 今回ご紹介するのは DeNovoGear サイト http://denovogear.weebly.com/index.html 論文 http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n10/full/nmeth.2611.html trioデータからDeNovoのmutationや…
第28回バイオインフォマティクス勉強会「NGSデータ解析サーバ体験セミナー」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！
ベクトルやリストを並び替えるときはsort()関数を使いますが 行列（マトリクス）やデータフレームを、特定の列をキーにして 並び替える場合はorder()という関数を使います。 同じジュースが、250ml・100円、350ml・120円、180ml・80円で 売られています。 1…
Pythonでグラフを書こう、の第２回です。 前回の記事では、グラフの描画パッケージであるmatplotlibのインストールを行いました。今回は、簡単なグラフを書いてみたいと思います。 matplotlibのウェブサイトには豊富なexampleが表示されていまして、任意のグ…
もし日本がひとつの会社だったら〜「日本経営」進化への提言〜 田村耕太郎氏の著書『もし日本がひとつの会社だったら〜「日本経営」進化への提言〜』では、日本が今解決すべき問題点を独自の視点で指摘しています。その中で特に印象が強かったのは、海外への…
弊社が神田に移転しまして一週間が過ぎました。 以前の環境と今の環境の違いは以下の点でしょうか。 ・オフィスが広い ・オフィス周辺にリーズナブルな飲食店が多い ・ランチのお弁当が格安 …食べ物の話ばかりというツッコミはさて置き、新しいオフィスで心…
アメリエフ株式会社は、2013年12月3日（水）〜6日（金）に神戸国際会議場で開催される、「第36回日本分子生物学会年会」に出展いたします。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第36回日本分子生物学会年会 ホームページ：http://www.aeplan.co…
これまで、ゲノムの構造多型を検出ツールのうち、split-readか、paired-endを用いているツールを紹介してきました。 どちらかの手法だけでなく、両方を合わせて使用するツールも存在します。 複数の検出方法を併用するメリットは、paired-end mappingによる…
ご無沙汰しております。 tokunagaです。 ここ最近、 このような工夫を施したツールやアルゴリズムを開発しました等、 バイオインフォマティクスに関する論文が数多く出てきてますね。 全てを把握することはとてもじゃないですが難しいことです。 そこで折角…
第27回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるゲノム解析@神戸」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！
Somatic Mutationを検出する主なツールを紹介します。 腫瘍サンプルと正常サンプルのBAM/Pileupファイル、リファレンスゲノムのFASTAファイルが入力ファイルとして必要です。 ・VarScan2(2012) 入力ファイルは、BAMファイルをSAMtoolsでPileupファイルに変換…
2014年カレンダーができました。 2013年にお配りしたカレンダーはポスタータイプでしたが、2014年はB6サイズの卓上カレンダーです。 月ごとに、「今月のLinuxコマンド」を掲載しています。 （※ブログで連載中の「楽しくコマンドを覚える」シリーズの一部です…
この度、本社を現在の東京都立産業貿易センター浜松町館から下記に移転することになりましたので、お知らせ申し上げます。 本社移転を機に、社員一同一層社業に励み皆様のご期待に沿うよう努力してまいりますので、今後とも変わらぬご支援を賜りますようお願…
突然ですが、お手元になるべく厚い本をご用意ください。その本の、 第12章の、345,678〜345,680番目に登場する文字は何でしょうか？ 数えたくもないですね！ では、ヒトゲノムhg19の、 第12番染色体の345,678〜345,680番目の塩基 は何でしょうか？ こちらは…
「nice」コマンドは、プロセスの優先順位を設定するコマンドです。 プロセスの優先度(ナイス値)を-20〜19の整数で決めます。-20が最優先で、数が大きくなるほど（19に近くなるほど）優先度が低くなります。 複数のジョブのうち特に急ぎのものがある場合、よ…
前回は、次世代シーケンスデータを用いて構造多型を検出するツールのうち、split-read mappingを用いているものを紹介しました。 今回の記事ではpair-end mappingを用いているツールをご紹介します。 MoDIL 10-50 bpのindelの検出ツールです。 ライブラリのI…
楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ 楽しくコマンドを覚える・５ 突然ですが、選択の積み重ねこそが人生なのではないでしょうか。 かつ丼が好きだけどカレーライスも好きだ！ で…
バイオインフォマティクスの分野に限らず、様々な数値データをグラフで可視化したいという要望はよくあります。手作業でよければエクセル等の表計算ソフトを利用する事もできますが、グラフの描画を自動化したい場合はどうすればいいのでしょうか。 そこで、…
楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ suは別のユーザになるコマンドです。 $ su 別のユーザ のように実行します。 そのユーザのパスワードを聞かれますので入力してください。 パ…
比較的新しい英語学習法である「多読」は、好きな洋書をただただ大量に読むという学習法です。まず英語圏の児童用絵本から読み始めて、頭の中で日本語に訳さずに読めるようになったら、段階的にレベルを上げていきます。わからない単語や言い回しがあっても…
道は開ける 新装版 デール カーネギー,香山 晶 有名だし読みたいなあと思いつつ、難しそうで敬遠していたのですが 思い切って読んでみたらとてもわかりやすい本でした。 最悪の事態を想定して対策を決めたら腹をくくってしまえとか、 批判を謙虚に受け止める…
次世代シーケンスデータを用いて構造多型を検出するツールは、これまでに数多く登場しています。 そのうちのいくつかを簡単にご紹介いたします。 今回はSplit-read mappingを用いているツールです。 Pindel 論文が発表されたのは2009年ですが、最近でも頻繁…
Linuxコマンドの機能を楽しく覚えるシリーズです。 今回は「ssh」コマンドです。これは、リモートマシンへのログインやコマンド実行をするためのコマンドです。クライアントとリモートマシンの通信データが暗号化されるので、インターネット経由でも比較的安…
