平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。年末年始の休業および営業日についてお知らせいたします。 【休業期間】 平成22年12月29日から平成23年1月3日まで 【営業開始】 2011年は1月4日(月)より通常営業 年末年始…

ゲノムワイド関連解析ソフト「QuickGWAS Academic」を本日リリースしました。 「QuickGWAS Academic」は、ゲノムワイド関連解析ツールセット「plink」のWindows版GUIインターフェースです。PCにインストールしてご利用いただけます。 ケース・コントロール関…

Ion Personal Genome Machine (PGM™) sequencerについて、この場を借りて、簡単にメモしたいと思います。 ・原理について 半導体チップ上の各ウェルでシーケンシングが行われる。 ヌクレオチドがポリメラーゼによってDNA鎖に取り込まれる時に、副産物として…

昨日に引き続き、SNP統計解析ソフトPLINKの、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 閾値に関するオプションを何個か紹介します。 --geno {0.01} 説明：Maximum per-SNP missing 集団において遺伝子型が決定されなかった割合の最大値です。 1%以…

これまで何回か、SNP統計解析ソフトPLINKについて書きました。 QTL解析２（２番目の記事） PLINKの使い方１ 今日は、コマンドのオプションについて書きたいと思います。 ファイルのinput/outputに関するオプションを何個か紹介します。 １．PEDファイル作成…

Life Technologies社が、12月14日にIon Personal Genome Machine (PGM™) sequencerの発売を開始しましたね。 製品紹介には、３つのポイントが大きく書いてありました。 ・scalability massively scalable semiconductor technology ・simplicity natural bio…

Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー」として PACBIO RSについて少し書きました。 Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー1」 Next Generation Sequencing Platforms「第三世代シーケンサー2」 Next Generatio…

寒い日が続きますね。 毎年この時期になると「今年やり残したことはなんだろう」と考えます。 ブログを見返しながら、すっかり忘れていた本の存在を思い出しました。 P.F.ドラッカーの「マネジメント」です。 「もしドラ」に影響されて、本家を購入しますと…

キムです。 今日は、社員全員参加で新聞記事プレゼンテーションを行いました。 日本経済新聞の記事をひとつ選択して、要点と考えを述べます。 ブログを書きながら、 高校時代に新聞に投書したこと（採用されず orz ）、 大学時代に新聞記事をスクラップして…

今日は、Ion Torrent SystemsのPostLight sequencing technologyについて紹介したいと思います。 チップは、CMOS(complementary metal-oxide semiconductor:相補型金属酸化膜半導体）という半導体のチップを使用します。 CMOS（シーモスと呼ぶらしい）構造は…

オフィス移転から一週間が経ちました。 水道橋駅周辺も便利でしたが、この浜松町周辺も別の意味で便利です。 オフィスが広くなったので、マグネットや文房具などの小物を補充しようと１００円ショップを探したのですが、オフィス周辺には見つからず（探し方…

Ion Torrent Systemsのシーケンサーについて書こうと思います。 ケミカルデータを直接デジタルデータに変換するため、第三世代シーケンサーでは重要な技術であったカメラ/レーザー/スキャンが要らないのです。 そのため第四世代シーケンサーで使われている技…

今年も分子生物学会に参加してきました。 昨年は横浜でしたが、今年は神戸でした。（来年は横浜に戻るそうです） 8日に始発の新幹線で神戸入りして、翌朝一番の飛行機で東京に戻ってくるという弾丸ツアーでしたが、非常に実りの大きい出張でした。 セッショ…

キムです。皆さまこんにちは。 今日は、オフィス家具の搬入やPCの設置などで、 経理のスタッフさんと大わらわでした。 とりあえずは、床に転がっている物はなくなったので、 分子生物学会に出張している山口さんに顔向けできそうです(笑) 昨日まで、第三世代…

先週、PACBIO RSのSMRT（Single Molecule Real Time）シーケンシングを実現するための３つの技術革新とシーケンスオプションについて少し書きました。 彼らは、 ・flushing, scanning, washingステップが不要 ・PCR増幅が不要 ・長いシーケンス長（平均1000b…

キムです。 今日は朝から、お引っ越しをしました！ 個人的には数回引っ越しを経験しましたが、 かつてこんなにスムーズに進んだことはありませんでした！ 協力していただいた関係者の皆さま、ありがとうございました。 新しいオフィスは下記のとおりです。 …

昨日から、PACBIO RSについて書いています。 テンプレートとなるSMRTbell libraryは、DNAサンプルの両端でループ状になるアダプターをライゲーションすることで作成されます。シーケンスオプションは下記の通り。 ・Standard sequencing 標準的なシーケンシ…

PACBIO RSは、DNAポリメラーゼを利用することで、リアルタイム一分子シーケンシングを可能にしています。 ホームページに、SMRT（Single Molecule Real Time）シーケンシングを実現するための３つの技術革新について書かれていました。 簡単にまとめてみます…

2010年12月6日(月)に、弊社オフィスが移転します。 移転先は浜松町駅近くです。 詳細は後ほどアナウンスさせていただきます。