統計解析ソフトR
R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。
RNA-seqのデータから発現変動遺伝子（DEG）を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。
Rで最初から使える関数（base パッケージ）や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を２つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」
scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説！
Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます！
統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)！
Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します
今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します（*＾ー＾*）
Rをソースからビルドしてインストール！！ （語感がルー◯柴感ある）
オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて！ おまけ：納豆のはなし
グラフのマーカーの色と形、使いこなしてみましょう
シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。
シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。
R環境だけで解決する問題ではなかったんです。
ソフトウェアの警告メッセージに教わった話です。作図のときは、色盲の人にも見分けやすいように色分けしよう。
Rで作図するとき、コマンドを一つ一つ打つと出来るのに、Rスクリプトを実行するとうまく描画できないこと、ないですか？ Rスクリプトでも問題なく描画するルール２選！
長いコマンドを打つときや、 同じコマンドを繰り返し実行するときは、スクリプト（ファイルに書いておいたコマンド）を使うと便利です。 Rでスクリプトの使い方、２選！
Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…
VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう！ Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…
SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…
kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…
hr-kです。今回はRでvcfファイルを扱う時の話題で書きたいと思います。 Rでvcfファイルを扱うソースを書いており、気付いたことが一点。 Rでvcfを開くとき、vcfR(説明書のリンク)というライブラリにあるread.vcfRを使うのがすごく便利です。 具体的な使用方…
Rで、ベクトルなどに含まれる重複した値をユニークにしたいとき、unique()を使用します。 > a [1] "AAA" "BBB" "CCC" "AAA" > unique(a) [1] "AAA" "BBB" "CCC" linuxコマンドの、隣り合っている重複行をユニークにするuniqコマンドとよく混同して、uniqと書…
Bioconductorのseq2pathwayパッケージを使ってパスウェイのアノテーションを行います。 ※seq2pathwayのインストールはこちらの記事をご覧ください。 seq2pathwayパッケージに含まれているテストデータを使ってテストしてみましょう。 library(seq2pathway) d…
ChIP-seqやRIP-seqでピークが得られた後は、遺伝子をアノテーションしたり、それらの遺伝子がどんなパスウェイに関連するか調べたりしたいですね。 Bioconductorのパッケージseq2pathwayを使って、ゲノム領域に遺伝子をアノテーションしたり、遺伝子にパスウ…
バイオインフォには関係ないのですが、少しつまづいたことです。 ReactomePAを使っています。 hatさんがかかれた紹介記事では、enrichPathway()でエンリッチされているパスウェイを取得した結果を棒グラフに描画していますが、summary()することでデータフレ…
短い間ですが、弊社のバイオインフォマティクス・トレーニングのTAを担当させていただいていた時期があります。RのTAをやるなかで、とても便利なのに、初めてRに触れる方が戸惑われることが多いと感じたポイントのひとつに paste 関数があります。今回は pas…
heatmap関数のRowSideColors/ColSideColorsオプションの紹介です。 gplotsパッケージのheatmap.2やheatmap3パッケージでも同様の機能があります。 ヒートマップのデンドログラムの横に、カラフルなサイドバーを付ける機能です。 テスト用のマトリクスを作り…
Rで解析をしていると、データフレーム（やマトリクスやベクトル）から、条件を満たすデータだけを抜き出したいことがよくあります。 そんなときはsubset関数を使います。 例として、みんな大好きirisを使います。 > head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Pet…
Rにはデフォルトでもヒートマップを作成するheatmap関数がありますが、私はheatmap関数より多機能なgplotsパッケージのheatmap.2関数をよく使います。 基本的な使い方はheatmap関数と同じです。 gplotsパッケージをインストールしていない場合はインストール…
