統計解析ソフトR
GO解析結果の可視化について実践的に解説します。enrichplotを用いて、RNAseq由来の遺伝子セットに対するエンリッチメント解析を多彩な図で表現。エラー対応や再現性の工夫も交え、研究者が自分の環境で再現できるよう丁寧に紹介しています。
GO解析結果の可視化について実践的に解説します。RNAseqデータから得られた遺伝子セットに対するエンリッチメント解析の基本から、DOSE・enrichplotパッケージを用いたRでの可視化手法まで、コマンドの意味やデータ構造の確認を丁寧に紹介。研究者が自分のデ…
R関連の技術書を実体験を交えて紹介します。初学者向けから中級者向けまで、Rの基本操作やtidyverse、データサイエンスの実践的な内容を網羅。学習スタイルやコマンド実行の工夫にも触れ、読者が自分に合った方法で継続できるよう丁寧にまとめています。
バイオインフォマティクスに役立つ技術書を実体験を交えて紹介します。LinuxやPythonの基礎から応用まで、初心者向けの書籍を中心にコメント付きで解説。言語選びや学習のコツも添え、気軽に学び続ける姿勢の大切さを伝えています。
統計解析ソフトRでのデータハンドリング（データ取得、Rへの読み込み）から、Bioconductorのインストール方法まで解説します。
本記事では、前編で準備したairwayデータを用いて、**ORA（Over-Representation Analysis）とGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）**の実行例と可視化方法を紹介しています。RのclusterProfilerパッケージを中心に、enrichGOとgseGO関数を用いた解析を行い…
統計解析ソフトRでのデータ操作と可視化を解説。関数電卓としての利用や、散布図・ヒストグラム作成の基礎を解説します。
本記事では、R環境でのGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）解析の実践的な流れを、airwayパッケージの公開データを用いて丁寧に解説しています。ヒト気道平滑筋細胞に対するステロイド処理の有無による発現変動をDESeq2で解析し、その結果をもとにエンリッ…
バイオインフォマティクスを独学で学ぶ方に向け、統計解析ソフトRの各OSでの動作や実行環境の選び方、Rの基本をご紹介します。
Seuratを用いたシングルセル解析の可視化における凡例の操作方法についてご紹介！
R と Python の選び方について、現役のバイオインフォマティシャンが解説！
Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。
R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介！
Seurat で公開データを読み込む方法を 3 つご紹介！
R で解析途中の結果を保存しておく方法 3 選！
染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介！
カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介！
各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介！
シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明！
R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。
RNA-seqのデータから発現変動遺伝子（DEG）を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。
Rで最初から使える関数（base パッケージ）や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を２つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」
scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説！
Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます！
統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)！
Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します
今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します（*＾ー＾*）
Rをソースからビルドしてインストール！！ （語感がルー◯柴感ある）
オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて！ おまけ：納豆のはなし
グラフのマーカーの色と形、使いこなしてみましょう
