統計解析ソフトR
R と Python の選び方について、現役のバイオインフォマティシャンが解説!
Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。
R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介!
Seurat で公開データを読み込む方法を 3 つご紹介!
R で解析途中の結果を保存しておく方法 3 選!
染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介!
カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介!
各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介!
シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!
R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。
RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。
Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」
scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!
Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!
統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)!
Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します
今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します(*^ー^*)
Rをソースからビルドしてインストール!! (語感がルー◯柴感ある)
オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて! おまけ:納豆のはなし
グラフのマーカーの色と形、使いこなしてみましょう
シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。
シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。
R環境だけで解決する問題ではなかったんです。
ソフトウェアの警告メッセージに教わった話です。作図のときは、色盲の人にも見分けやすいように色分けしよう。
Rで作図するとき、コマンドを一つ一つ打つと出来るのに、Rスクリプトを実行するとうまく描画できないこと、ないですか? Rスクリプトでも問題なく描画するルール2選!
長いコマンドを打つときや、 同じコマンドを繰り返し実行するときは、スクリプト(ファイルに書いておいたコマンド)を使うと便利です。 Rでスクリプトの使い方、2選!
Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…
VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…
SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…
kimoton です。 皆様休日は何をされてますかね。 わたくしkimoton、最近料理をしているのですが、書店でこのようなものを見つけてしまいました。 週末2時間で作れる! 1週間分のおかず (ei cooking)作者: 結城寿美江,ei cooking編集部出版社/メーカー: エイ出…