2012-11-01から1ヶ月間の記事一覧
皆様、こんにちは。detです。今回は、前回までの1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析からは少し離れまして、日本人の全ゲノムシーケンスデータに関する解析についてご紹介いたします。 2012年7月31日に慶応大の富田先生の全ゲノムが 日本DNAデータバン…
BEDフォーマットはゲノム上のポジションを示すのに使われているフォーマットで、遺伝子や結合部位などを示すのに広く使われています。元々はUCSC Genome Browserで使われていたフォーマットですが、最近は様々な解析ソフトウェアでも読み書きできるようです…
tokunagaです。 前回スクールDay3の演習では実際に2つのツールをインストールして動かしていただきました。 PATHの概念やシンボリックリンクなど、最初はなかなか理解しづらい箇所がありましたが、実戦を通しておわかりいただけましたでしょうか？ 前回のツ…
このたび弊社では大変ご要望が多かった『Linux基礎 短期コース』 3月期を神戸会場にて開講いたします。 座学と実践を組み合わせた実習形式で、次世代シーケンスデータの解析方法を 基礎から学ぶことができる内容となっております。 ご検討いただけましたら幸…
皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 今回は、1000人ゲノムJPTサンプルのデータ解析結果から得られたアレル頻度分布と、他の人種におけるアレル頻度分布を比較…
akbです。 本日は書籍のご紹介です。 小室淑恵の即効プレゼン術 小室 淑恵 著者の小室淑恵さんは株式会社ワーク・ライフバランスの代表取締役社長として活躍されています。以前、弊社のブログにてご紹介させていただきました「なぜ、あの部門は「残業なし」…
ゲノム解析の定番ソフトウェアに「Picard」というのがあります。 私はずっと「ピ・カード」と呼んでいましたが 学会などでは「ピカール」と呼ばれるのをよく聞きます。 正式には「ピカール」なんでしょうか？ マイクロRNAのデータベース「miRBase」も、 私は…
tokunagaです。 これまでにVCFtoolsを使ったVCFファイルの加工や比較の方法をご紹介しました。 VCFtools VCFtools② 今回はVCFファイルに関するRパッケージをご紹介いたします。 VariantAnnotation Bioconductorのパッケージです。 VCFフォーマットのファイル…
皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回は1000人ゲノムJPTサンプルのデータ解析から得られた、88人の多型情報をまとめたVCFファイルについてご紹介いたしまし…
2012年11月20日(火)〜22日(木)の3日間、東京ビックサイトにて 「産業交流展2012」が開催されます。 今回の「産業交流展2012」には、弊社が入居させていただいている 「東京ライフサイエンスインキュベーションセンター（TLIC）」が出展されます。 アメリエフ…
ふだん使いのマインドマップ 描くだけで毎日がハッピーになる 矢嶋美由希 マインドマップをご存知ですか？ 中央にテーマの絵を描き、思いついた単語を放射状に伸ばしていく、思考整理法の一つです。 この本は公式マインドマップインストラクターである著者が…
tokunagaです。 本日はBioinfomaticsで気になる記事を見つけましたのでご紹介いたします。 Bioinformatics. 2012 Nov 4 PBSIM: PacBio reads simulator–toward accurate genome assembly Ono Y, Asai K, Hamada M PacBioのシーケンサーから出力されるリード…
12月15日(土)に開かれる第19回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回の勉強会は下記の2部構成で開講させていただきます。 第一部：「はじめてのLinux〜コンパウンドヘテロを探してみよう〜」 第二部：「SNPデータ解析入門」 第一部はLinuxの超…
山口です。 米国サンフランシスコで開催されている、 アメリカ人類遺伝学会（ASHG）に参加しています。 特にブースなどを出展したり、発表があるわけではありませんが、 勉強のために来ています。 初めての参加でしたが、約7000人の参加者があるそうで、 日…
「短期間で修了したい」「平日に開催してほしい」 というご要望にお応えしました。 ☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆ ☆ バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」に ☆ 短期コースを開講します！ ☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆ ■開催日： 2013年2月7・8日…
皆様、こんにちは。detです。前回に引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回は88人の1000ゲノムJPTサンプルに対して、Reseq パイプラインでデータ解析した結果から、リードのクリーニング結果と…
hatです。 先日、インフルエンザの予防接種を受けてきました。 今年のワクチンには以下の3株が入っているそうです。 一番上のH1N1は2009年にパンデミック（世界的な大流行）を引き起こした株です。 ・A/カリフォルニア/7/2009(H1N1) ・A/ビクトリア/361/2011…
tokunagaです。 本日は以前ご紹介したVCFtoolsでちょっと気になっていたコマンドを調べましたのでご紹介したいと思います。 vcf-compareというVCFファイル同士の簡単な比較を行ってくれるコマンドです。 前回ご紹介したように前処理としてVCFファイルをbgzip…
皆様、こんにちは。detです。 akbさんに引き続きまして、1000人ゲノムプロジェクトJPTデータの解析に関する記事を書かせていただきます。 前回の記事の目的に従いまして、今回は、1000人ゲノムのデータベースに含まれる100程度の日本人サンプルから88サンプ…
akbです。 「日本人類遺伝学会 第57回大会」に出展いたしました。 弊社のポスター発表、ならびにブースまで足を運んでくださった皆さま方に、この場をかりて厚く御礼申し上げます。 本日から「日本人類遺伝学会 第57回大会」で発表させていただいたポスター…
私は生物学出身なのですが、学生時代は生物の「行動」に興味があり、分子生物学はあまり身を入れて勉強していませんでした。 そのつけがたたり、バイオインフォマティクスのお仕事をさせていただくようになった当初はわからないことだらけでした。 この業界…
