平素よりアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 全社研修による休業のお知らせです。 【休業期間】 2015年6月26日(金）12:00〜18:00 【営業開始】 2015年6月29日(月)より通常営業 お問い合わせにつきましては、6月29…

hatです。 平成27年度NGSハンズオン講習会で使用するPythonの資料を作っています。 人に教えるとなると改めてPythonを基本から学ぶ必要があり、土日もPythonの参考書やCodecademyで勉強している今日この頃です。 根を詰めすぎて逃避したくなったのか、あるい…

短い間ですが、弊社のバイオインフォマティクス・トレーニングのTAを担当させていただいていた時期があります。RのTAをやるなかで、とても便利なのに、初めてRに触れる方が戸惑われることが多いと感じたポイントのひとつに paste 関数があります。今回は pas…

こんにちは、久保（kubor）です。 先日転んだ時に頭を打ったので、それがきっかけで、僕に異常な言動がないかhatさんに確認してもらったのですが、 「打つ前から変わらずに変なことを言ってるよ。」 とのことでした。ひどい。 そんなhatさんが「すら（SRA）…

heatmap関数のRowSideColors/ColSideColorsオプションの紹介です。 gplotsパッケージのheatmap.2やheatmap3パッケージでも同様の機能があります。 ヒートマップのデンドログラムの横に、カラフルなサイドバーを付ける機能です。 テスト用のマトリクスを作り…

この度、弊社は2015年6月8日をもちまして、下記の通り役員の変更がございましたのでお知らせいたします。 今後も、生命科学の課題解決に最適なITソリューションを提供する「プロフェッショナルチーム」としてお客様の研究のお役に立てますよう、役員並びに従…

ChemmineRの紹介連載4回目です。 前回は、ChemmineOBというパッケージを使って化合物のPubChem fingerprintを取得しました。 今回では、そのfingerprintを使って、類似比較・クラスタリング解析を行います。 fingerprintによる類似検索 fpset[1]と類似したも…

前回までで、SDFデータの読み込みと、データのvalidationをご紹介しました。 今回は、読み込んだ化合物のfingerprint/atom pair descriptorを取得する方法です。 SDFsetからfingerprint/atom pair descriptorへの変換には、ChemmineOBという新しいパッケージ…

みなさん、好きなPerlの演算子はなんですか？ 私は、qw演算子が好きです。でも、「1..100と書くと、1から100までの整数を指すアレ」はもっと好きです。 これ（..）の名前を今日初めて知りましたが、「範囲演算子」と言うそうです。 これ（..）に名前があるな…