scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します

Bowtie2のdovetail機能

SnpSift filterでsnpEffの複雑に見えるアノテーション結果をフィルタします。

SNP解析をしていると、いろいろなソフトウェアでいろいろな形式のファイルが必要になってきますよね。 だいたいPLINKがどうにかしてくれます。

グラフのマーカーの色と形、使いこなしてみましょう

macOSのコマンドラインはLinuxのコマンドとよく似ており、割と気軽に操作を行うことが可能です。ですが、ちょっとしたコマンドがなかったり、オプションが違ったりします。先日、"cat"コマンドを使って不可視文字を確認するときに戸惑ったのでご紹介します。

リモートワークの実運用について

ブログ読者の皆様 、 新年あけましておめでとうございます。

bcftools queryを使うと、VCFまたはBCFから、任意の形式で列を抽出して出力することができます。例えば好きな列だけ拾ってタブ区切りテキストに。めちゃ便利！ 最後に読者への挑戦(?)もあるよ

bcftoolsは、NGSを用いた変異解析で用いられる、変異を記述するVCF(variant call format)形式のファイルを扱うためのユーティリティです。多機能かつ結構速い。よく使う機能を解説します♪

マルチFASTAを配列ごとに分割するツールについてご紹介！

アレイデータとNGSデータをIGVで並べたい 最近、メチル化アレイのデータをNGSデータと並べて見てみたいから、IGVで可視化できないかと相談を受けました。 日頃、様々なツール間でデータをやり取りするためにファイルを変換するスクリプトをよく書いているの…

第4回＆第5回オープンセミナー振り返り！

こんにちはkubo改めkubo-mです。地図アプリがないと目的地にたどり着けない方向音痴です。 家族にある場所への道順を「北に向かって進んでから〇〇で東に折れて……」と説明されて、「歩いている最中に方角なんてわからないから、右に曲がるか、左に曲がるかで…

アメリエフ株式会社は、アジア最大級のバイオパートナリングイベントBioJapanに参加いたします。 厚生労働省が主催する 「ジャパン・ ヘルスケアベンチャー・サミット」に採択され、ブース展示をいたします。 また、一般財団法人バイオインダストリー協会が…

9月24日（日）深夜26時35分からTokyo MXにて放送された「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられました！ 「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。 番組内では仕事に…

kubokawamです。 可視化といっても、マンハッタンプロットを作図してからの話です。 GWAS解析を行って（あるいは共同研究先や外注先に行ってもらって）マンハッタンプロットを眺めていると、このSNPをもう少し詳しく見てみたいなあ、近くにある遺伝子とかLD…

9月24日（日）深夜26時35分からTokyo MXにて放送される「ELIZAスペシャル」でアメリエフが取り上げられます。「ELIZAスペシャル」は最新テクノロジーを駆使して社会課題に取り組む企業や経営者を密着取材したドキュメンタリー番組です。番組内では仕事に臨む…

kubokawamです。 久しぶりにlinuxコマンドのオプションネタを書きます。 コマンドは、これがなくては何もできない、lsです。実行するとファイルやディレクトリなどの一覧を表示してくれます。初心者の方には真っ先に覚えていただきますし、弊社のインフォマ…

ブログを移転いたしました。 新しいブログでも、アメリエフをどうぞよろしくお願いいたします。 さてもう二月になってしまい、時流に遅れている感満載ですが、年末年始は、それまでの一年を振り返り、これからの一年を考える機会ですね。2016年を振り返るとN…