バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コース にて一部の講義を担当させていただきました。 シェルスクリプト・Perl ・日時：2014年9/3（水）・9/4（木） ・講師：服部 次世代シークエンサ実習 ・日時：2014年9/10（水）…

Rでgrep 続・Rでgrep grepのこんなオプション grepを数えるオプション 普段解析でよく使うコマンドのためか、このブログはgrepネタが多い気がします。 ということでまたgrepネタです。 grepで特定の文字列を含む行を抜き出す場合、文字列を¥|でつなげること…

アノテーションソフトsnpEffが1.4.0にバージョンアップしました。 GRCh38/hg38に対応しています。待ってました。 まだ安定ではないようで、頻繁にマイナーバージョンアップを繰り返しています(2014-09-25現在、最新バージョンは1.4.0 Eです)が、早く新しいゲ…

だんだん肌寒くなってきましたね。kitanoです。 私が入社して3週間になろうとしていますが、今回はその中で私が初めて知った言葉をひとつピックアップして解説していこうかと思います。 その言葉とは「ClinVar」です。 ヒトの研究に携わっていらっしゃる方々…

RNA-seqデータを高速にマッピングするソフトウェアSTARについて ご紹介します。 A. Dobin et al, Bioinformatics 2012; doi: 10.1093/bioinformatics/bts635 "STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner" ◆STARのインストール $ wget http://STAR.googlecod…

ソフトウェアによっては、実行時に非常に詳細なログをずらーっと出力してくれます。 なぜか解析がうまくいかないときなど、解析時の実行内容を確認するため、このログを後から見返すと役に立つことも度々あります。 しかし、ログを流しっぱなしにしては、後…

2009年の創業以来、「実践的な学びと人のつながりを生み出す場」を目指し開催して参りました、バイオインフォマティクス勉強会も、みなさまに支えられ37回を数えるまでになりました。 今回の"大"勉強会では、これまでの勉強会とは趣向を変え、4名の先生をお…

2014年8/6（水）〜7（木）、徳島大学 蔵本キャンパス図書館にて、「Perl入門」を講義させていただきました。 実習では「ここはこうしたらいいんじゃないか」と活発なアイデアが飛び交い、早速Perlを使いこなしていただいているのが嬉しく、講師冥利につきる…

2014年9月に入社いたしましたkitanoと申します。 初めてのブログ投稿なのでkitanoの自己紹介をしたいと思います。 生まれは九州、熊本県熊本市。海の近くで育った野生児です。 高校までは熊本で過ごし、格闘技と合唱に青春時代を費やしました。 大学は滋賀県…