本日は、気になる記事を御紹介します。 遺伝子ビジネスの最前線 国家プロジェクトである「オーダーメイド医療実現化プロジェクト」が始り、早9年。 （弊社もそのうちの1つとなるでしょうが）次世代シーケンサーの普及と共に 様々なバイオベンチャーが旗揚げ…

私が講師を務める、バイオインフォマティクス・スクールの様子をお伝えします。 10/22(土)にLinux基礎コースの第1回目のクラスがあったのですが、みなさん少々苦戦していました。 宿題に少々手こずったことと、授業中も実際にコマンドを打っていただくので、…

本日は、気になるコラムをご紹介します。 タイの洪水により、HDDが高騰！ 私事ですが、本日サーバーの構築業務を行っており、HDDを追加注文しようとしたところ、目的の内蔵型HDDが品薄状態となっておりました。 そこでこのニュースを発見！ 天災であるとはい…

先日は、bwaのアライメントアルゴリズムに関して記述しました。 本日は、その続編を記述致します。 よろしくお願い致します。 bwaでアライメントを行う際は、必ずReferenceゲノムのindex化が必要です。つまり、Suffix Arrayを作成しておく必要があります。 …

本日は、気になるニュースを御紹介します。 「思春期特発性側弯症 （AIS）」の疾患感受性遺伝子の1つを発見 2000名のAIS患者さんからDNAサンプルを採取し、GWAS解析を行っています。 その結果、10番染色体上に存在する3つの疾患SNP候補を同定し、その中から…

次世代シーケンサの解析を行う際、アライメントという作業を行います。 本日は、アライメントツールとしてbwaを例にとり、アライメントのアルゴリズムに関して記述していきます。 よろしくお願いします。 bwaのInformationでは、Burrows-Wheeler Transform (…

明日は、弊社の新しい事業であるバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の開講初日です。 （詳細はコチラ） Day1では、Linuxの基本から、基本的なLinuxのコマンド操作までをご紹介します。 計画通りにいけばよいですが・・・。 今からとても緊張し…

世界初 肉腫治療へゲノム創薬 滑膜肉腫に対するゲノム解析の結果を応用し、治療薬の開発を行ったそうです。 日本では、創薬・臨床過程の規約が厳しいため、臨床試験をすることができませんが、フランスではすでに始まったようですね。 上記の記事にも記載さ…

本日は、お気に入りのスピーチを紹介させていただきます。 iPhoneを発表するスティーブ・ジョブズ この時期に紹介すると、ミーハーな印象を与えてしまいますが、 その通りです。 まるでジョブズ劇場ですね。聞いてるだけで、ワクワクします。 コンセプトを熱…

私事ですが、大学院時代から毎年インフルエンザ予防接種を受けています。 今年は10月中旬ぐらいからだそうですが、ワクチンが遅れる可能性もあるとのこと（こちらから）。 しかしこれは、毎年ニュースになっていますね。 私は、11月初めに受けます。 ワクチ…

本日も気になる記事を紹介します。 ペスト菌、600年前から変化せず さらに詳しい情報はこちらから ペスト菌は、黒死病の原因とされている菌です。 600年前のペスト菌を採取し、Referenceとしてペスト菌CO92株とマッピングを行っています。 今回は、ペスト菌…

本日は、気になる記事を紹介します。 なぜ東日本大震災を想定できなかったか 日本地震学会が始まります。 今回の議論内容は、地震の予測ができなかったことに対する原因についてです。 人間は、自分が間違いや失敗を起こした時、まず言い訳をするように思い…

休日をいかがお過ごしでしたか？ 最近、朝晩とめっきり冷え込み、秋の到来を肌に感じています。 明日は満月です。 暦カレンダー 東京へ来て、空を見上げることが減りましたが、明日は忘れず見てみようと思います。 満月を見ると、月（ツキ）が回ってきたなと…

本日は書籍のご紹介です。 土を喰らう日々 水上 勉（著） 著者である水上さんは、幼少時代にお寺で修業をされています。 その時の炊事当番時に体験した、野菜や穀物に対する考え方、食し方について書かれた本です。 食べ物を頂くということは、その土地の土…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールで、“なぜLinux講座を第１科目として選んだのか”を自分なりにまとめました。 よろしくお願いいたします。 その１：解析ツールの問題 バイオインフォマティクスで使用する解析ツールは、Linux仕様…

2011年10月期バイオインフォマティクス・スクールのLinux基礎平日コースは、お申し込みが最小人数に達しませんでしたので、開講されないことが決定いたしました。 受講をご検討いただいていたみなさまにはご迷惑をおかけしますが、ご理解の程よろしくお願い…

これまでに、eigenstratに必要なファイルに関して記述致しました。 本日は、いよいよ主成分分析です。 使用するファイルを記述します。 example.geno example.ind example.snp smartpca.perl -i example.geno -a example.snp -b example.ind -k 2 -o example…

本日は、弊社で開講予定のバイオインフォマティクス・スクールの説明会に関する情報を再度記述させていただきます。 弊社のバイオインフォマティクス・スクールは、バイオインフォマティクスを通した解析技術等を体系的に訓練できる場として提供させていただ…