これまで、ゲノムの構造多型を検出ツールのうち、split-readか、paired-endを用いているツールを紹介してきました。 どちらかの手法だけでなく、両方を合わせて使用するツールも存在します。 複数の検出方法を併用するメリットは、paired-end mappingによる…

ご無沙汰しております。 tokunagaです。 ここ最近、 このような工夫を施したツールやアルゴリズムを開発しました等、 バイオインフォマティクスに関する論文が数多く出てきてますね。 全てを把握することはとてもじゃないですが難しいことです。 そこで折角…

第27回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるゲノム解析@神戸」はお申込みが定員に達しましたのでキャンセル待ちとさせていただいております。 たくさんのお申込み、ありがとうございました！

Somatic Mutationを検出する主なツールを紹介します。 腫瘍サンプルと正常サンプルのBAM/Pileupファイル、リファレンスゲノムのFASTAファイルが入力ファイルとして必要です。 ・VarScan2(2012) 入力ファイルは、BAMファイルをSAMtoolsでPileupファイルに変換…

2014年カレンダーができました。 2013年にお配りしたカレンダーはポスタータイプでしたが、2014年はB6サイズの卓上カレンダーです。 月ごとに、「今月のLinuxコマンド」を掲載しています。 （※ブログで連載中の「楽しくコマンドを覚える」シリーズの一部です…

この度、本社を現在の東京都立産業貿易センター浜松町館から下記に移転することになりましたので、お知らせ申し上げます。 本社移転を機に、社員一同一層社業に励み皆様のご期待に沿うよう努力してまいりますので、今後とも変わらぬご支援を賜りますようお願…

突然ですが、お手元になるべく厚い本をご用意ください。その本の、 第12章の、345,678〜345,680番目に登場する文字は何でしょうか？ 数えたくもないですね！ では、ヒトゲノムhg19の、 第12番染色体の345,678〜345,680番目の塩基 は何でしょうか？ こちらは…

「nice」コマンドは、プロセスの優先順位を設定するコマンドです。 プロセスの優先度(ナイス値)を-20〜19の整数で決めます。-20が最優先で、数が大きくなるほど（19に近くなるほど）優先度が低くなります。 複数のジョブのうち特に急ぎのものがある場合、よ…

前回は、次世代シーケンスデータを用いて構造多型を検出するツールのうち、split-read mappingを用いているものを紹介しました。 今回の記事ではpair-end mappingを用いているツールをご紹介します。 MoDIL 10-50 bpのindelの検出ツールです。 ライブラリのI…

楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ 楽しくコマンドを覚える・５ 突然ですが、選択の積み重ねこそが人生なのではないでしょうか。 かつ丼が好きだけどカレーライスも好きだ！ で…

バイオインフォマティクスの分野に限らず、様々な数値データをグラフで可視化したいという要望はよくあります。手作業でよければエクセル等の表計算ソフトを利用する事もできますが、グラフの描画を自動化したい場合はどうすればいいのでしょうか。 そこで、…

楽しくコマンドを覚える・１ 楽しくコマンドを覚える・２ 楽しくコマンドを覚える・３ 楽しくコマンドを覚える・４ suは別のユーザになるコマンドです。 $ su 別のユーザ のように実行します。 そのユーザのパスワードを聞かれますので入力してください。 パ…

比較的新しい英語学習法である「多読」は、好きな洋書をただただ大量に読むという学習法です。まず英語圏の児童用絵本から読み始めて、頭の中で日本語に訳さずに読めるようになったら、段階的にレベルを上げていきます。わからない単語や言い回しがあっても…

道は開ける 新装版 デール カーネギー,香山 晶 有名だし読みたいなあと思いつつ、難しそうで敬遠していたのですが 思い切って読んでみたらとてもわかりやすい本でした。 最悪の事態を想定して対策を決めたら腹をくくってしまえとか、 批判を謙虚に受け止める…

次世代シーケンスデータを用いて構造多型を検出するツールは、これまでに数多く登場しています。 そのうちのいくつかを簡単にご紹介いたします。 今回はSplit-read mappingを用いているツールです。 Pindel 論文が発表されたのは2009年ですが、最近でも頻繁…

Linuxコマンドの機能を楽しく覚えるシリーズです。 今回は「ssh」コマンドです。これは、リモートマシンへのログインやコマンド実行をするためのコマンドです。クライアントとリモートマシンの通信データが暗号化されるので、インターネット経由でも比較的安…