アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

SandboxでSingularityコンテナを編集する方法

SingularityコンテナをSandboxを使って編集する方法について

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux R Python入門におすすめの本

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!

SeuratのFindMarkers() の結果を使ったVolcano plotの描き方

Volcano plotを描くために、SeuratのFindmarkers() 関数のオプションを少し工夫します。

メタゲノム解析16S rRNA配列の2大データベース

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

Reactome Pathwayの最上位カテゴリを自動的に検索する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

知らないとおじさん?なLinuxコマンド 3選【もう古い】

巷で噂の知らないとおじさん?なLinuxコマンドをまとめました。Linuxエンジニアとしては、最新のLinuxコマンドやオプションを随時アップデートしたいものです。

Seleniumでスクレイピング

PythonライブラリのSeleniumでスクレイピングを行う方法を細かく解説します。情報収集や業務効率化に役立ちます!

rcloneでGoogleドライブの"共有ドライブ"からLinuxサーバにファイルを移動する

rcloneを使ってLinuxサーバから直接Googleドライブを参照します。

会社ブログの編集者に10の質問☆

はてなブログ10周年特別お題「はてなブロガーに10の質問」 10周年おめでとうございます!編集者Fが勝手に答えます🎁

Sambaでローカル・サーバ間の共有ディレクトリを作成する

Sambaのインストール、confの書き方まで共有ディレクトリの作成方法を大解説!

LiftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

Rで重複しないrownamesを作る

統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)!

ヘッダファイルが見当たらないエラーを解決しよう【環境構築あるある】

環境構築でよく見るあの子(エラー)に出会っちゃったときの対処法を紹介しました✨

Windowsユーザのためのあれこれ③ -Tera Termの基本操作・設定

Tera Termを便利に使ってみよう。

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

venvでPython仮想環境を構築

venvで仮想環境構築

rcloneでOneDriveからLinuxサーバにファイルを移動する

rcloneを使って、OneDriveのファイル・フォルダをLinuxサーバから参照する

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

SSH接続のタイムアウトを防ぐ〜ローカル側の設定

SSH接続のタイムアウトを防ぐ

Rで遺伝子名をIDに変換する

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Pythonで配列アライメントおよび分子系統樹を書く

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

PLINKにvcfを読み込む方法

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

Windowsユーザのためのあれこれ② -新しいPCを手に入れたら (GodModeのご紹介)

Windows PCのコントロールパネルを見やすくする

bamファイルのPPタグ

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。