アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

Rパッケージの付属データの確認方法

irisがおなじみ、Rの標準データセットや、インストールしたパッケージごとの付属データセットを確認する方法を紹介します。これで新しいパッケージの動作確認もらくらく!?

Volcano Plot を綺麗に描きたい

R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。

EBSeqの使い方(三群以上の多群比較)

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

(Rで)ディレクトリやファイルのパスを扱う方法

Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。

SandboxでSingularityコンテナを編集する方法

SingularityコンテナをSandboxを使って編集する方法について

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux R Python入門におすすめの本

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!

SeuratのFindMarkers() の結果を使ったVolcano plotの描き方

Volcano plotを描くために、SeuratのFindmarkers() 関数のオプションを少し工夫します。

メタゲノム解析16S rRNA配列の2大データベース

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

Reactome Pathwayの最上位カテゴリを自動的に検索する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

知らないとおじさん?なLinuxコマンド 3選【もう古い】

巷で噂の知らないとおじさん?なLinuxコマンドをまとめました。Linuxエンジニアとしては、最新のLinuxコマンドやオプションを随時アップデートしたいものです。

Seleniumでスクレイピング

PythonライブラリのSeleniumでスクレイピングを行う方法を細かく解説します。情報収集や業務効率化に役立ちます!

rcloneでGoogleドライブの"共有ドライブ"からLinuxサーバにファイルを移動する

rcloneを使ってLinuxサーバから直接Googleドライブを参照します。

会社ブログの編集者に10の質問☆

はてなブログ10周年特別お題「はてなブロガーに10の質問」 10周年おめでとうございます!編集者Fが勝手に答えます🎁

Sambaでローカル・サーバ間の共有ディレクトリを作成する

Sambaのインストール、confの書き方まで共有ディレクトリの作成方法を大解説!

LiftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

Rで重複しないrownamesを作る

統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)!

ヘッダファイルが見当たらないエラーを解決しよう【環境構築あるある】

環境構築でよく見るあの子(エラー)に出会っちゃったときの対処法を紹介しました✨

Windowsユーザのためのあれこれ③ -Tera Termの基本操作・設定

Tera Termを便利に使ってみよう。

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

venvでPython仮想環境を構築

venvで仮想環境構築

rcloneでOneDriveからLinuxサーバにファイルを移動する

rcloneを使って、OneDriveのファイル・フォルダをLinuxサーバから参照する

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。