アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

Windowsユーザのためのあれこれ③ -Tera Termの基本操作・設定

Tera Termを便利に使ってみよう。

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

venvでPython仮想環境を構築

venvで仮想環境構築

rcloneでOneDriveからLinuxサーバにファイルを移動する

rcloneを使って、OneDriveのファイル・フォルダをLinuxサーバから参照する

samtools coverage

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

SSH接続のタイムアウトを防ぐ〜ローカル側の設定

SSH接続のタイムアウトを防ぐ

Rで遺伝子名をIDに変換する

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Pythonで配列アライメントおよび分子系統樹を書く

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

PLINKにvcfを読み込む

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

Windowsユーザのためのあれこれ② -新しいPCを手に入れたら (GodModeのご紹介)

Windows PCのコントロールパネルを見やすくする

bamファイルのPPタグ

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

sedコマンドで染色体名を変更する

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

single cell RNA-Seqデータから コピー数変異を予測

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

Rの%in%演算子とかmatch関数とか

Rの%in%演算子とmatch関数について紹介します

「"鍵"を閉める」とたまに耳にしますが、閉めるのは「錠」ですよね。

linux サーバーのユーザーアカウントを、パスワード認証で一時的にログインできなくさせる術

VCFファイルをPythonで扱う(cyvcf2の紹介)

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

Macのトラックパッドで単語を検索する

Mac

Macのトラックパッドで英単語を検索

Windowsユーザのためのあれこれ① -サーバ接続編

Windows PCを使ってサーバに接続してみよう

python : importで自分で書いたプログラムを使おう

pythonの`import`を用いると、パッケージを読み込んで様々な関数を使えます。 自分で定義した他のpythonプログラムもimportできます。長いプログラムを書くときや、機能別にファイルを分けたいときに便利!

2021年度新入社員のtsuyuhです。

自己紹介 (tsuyuh)

2021年度新卒 adachit

2021年に新卒入社したadachitの自己紹介

Reseq解析 2021アップデート

DNAの変異を検出するReseq解析の最新レビューを紹介。(筆・インターンtsuyuh)

迷子の♪迷子の♪ディレクトリさん

Linux入門講座でよくいただく質問「どこにどんなディレクトリを作ったかわからなくなっちゃったら,どうしたらいいですか?」にお答えします^^

鳥のしっぽ

Bowtie2のdovetail機能

退職のご挨拶

アメリエフ株式会社 CTO 退職のご挨拶

最先端の技術で、創薬やヘルスケアを発展させたいエンジニア集まれ!【役員対談】

新しい理療や新薬「開発」における、現場のニーズを叶えていく 取締役COO 金:エンジニアのマネージャー募集を始めた背景を教えてください。 代表 山口:アメリエフは創業から一貫して、生命科学研究のデータ解析を通して研究成果を生み出すことや、研究成果…

ChIP-seqに代わる技術 CUT&RUN

CUT&RUN-seqをご存知ですか。 メリット、解析上の注意点を紹介します。(執筆・インターン生hattorit)

データ解析の学び方(雑談)

社員たちの会話@マスクランチ会

【CST、タカラバイオ、アメリエフ合同】CUT&RUNオンラインセミナー開催のお知らせ

新年明けましておめでとうございます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 さて、2021年1月22日 (金) 開催の、セルシグナリングテクノロジージャパン株式会社、タカラバイオ株式会社 、アメリエフ株式会社による合同オンラインセミナー「CUT&RUNによる…

あけましておめでとうございます

旧年中は格別のお引き立てをいただき、誠にありがとうございました。 特に旧年は、コロナ禍のため思うようにご研究ができなかった研究者の方もおられたかと思います。 弊社では今後もオンライントレーニングなど、時代に合わせたサービスを提供することで皆…