アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

2025年度入社のkazsakの自己紹介

2025年度入社kazsakの自己紹介

バイオインフォマティクスで迷わない!R と Python の選び方

R と Python の選び方について、現役のバイオインフォマティシャンが解説!

venn.diagram のリストと引数の関係について

Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。

【Linux】tmux入門

ターミナル操作で便利なツールtmuxのご紹介

ynukiの自己紹介

2022年に入社したynukiの自己紹介文

2023年度入社の hosor の自己紹介

2023年に新卒入社した hosor の自己紹介

2023年度入社のkutsuyでございます。

2023年に中途入社したkutsuwadayの自己紹介編

自己紹介【nakagawam】

2024年に中途入社したnakagawamの自己紹介

【Docker】仮想環境まわりのデータ形式の変換方法【Apptainer (Singularity)】

仮想環境 (Docker など) まわりのデータ形式の変換コマンドをご紹介!

【シングルセル解析】クラスタリング樹形図を描画する方法【clustree】

R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介!

【シングルセル解析】Seurat で公開データを読み込む方法 3 選

Seurat で公開データを読み込む方法を 3 つご紹介!

【機械学習】乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する【Python】

必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築!

【R】解析結果を保存しておく方法 3 選

R で解析途中の結果を保存しておく方法 3 選!

【R】染色体上の着目箇所を可視化

染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介!

【R】ヒートマップのカラースケールの調整方法

カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介!

【シングルセル解析】各サンプルの細胞割合を積み上げ棒グラフで描画

各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介!

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(4/4)

nf-coreで公開されているNextflowパイプラインをカスタマイズする方法について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(3/4)

Nextflowを利用して、RNA-seqパイプラインを実行する方法について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(2/4)

Nextflowの基本的な使い方について解説

Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(1/4)

バイオインフォマティクス解析で使用されるNextflow言語について解説

【シングルセル解析】サンプル間で共通するマーカー遺伝子の検出方法

シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!

TrimmomaticによるBGISEQデータのアダプター配列除去方法について

BGIシーケンサーデータに対する問い合わせが増えてきたため、Trimmomaticを使ってアダプター配列除去を行う方法をお教えします。

Reactome において第二階層のパスウェイを検索する方法

Reactome のデータを使うことで、第二階層のパスウェイを検索する方法を紹介!

Excelファイルをrcloneで転送する際に困った話

rcloneを使ったExcelファイルの転送には注意が必要

Rパッケージの付属データの確認方法

irisがおなじみ、Rの標準データセットや、インストールしたパッケージごとの付属データセットを確認する方法を紹介します。これで新しいパッケージの動作確認もらくらく!?

Volcano Plot を綺麗に描きたい

R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。

EBSeqの使い方(三群以上の多群比較)

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる

Seurat と Monocle のプロットの配色について解説

(Rで)ディレクトリやファイルのパスを扱う方法

Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い

scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。