会社（神田）の近くにおいしい鯛焼屋さんが二軒あります。 どちらも餡がたくさん詰まっていて、熱々の焼き立てをほうばると 小麦粉と重曹の香ばしい香りが鼻に抜け、たまらぬおいしさです。 会社が神田に移転して良かったと思うひとときです。 ところで、み…

Linux上でファイルをコピーする際に、「cp」というコマンドを使用します。 $ cp hoge.txt ../ このコマンドでは hoge.txt を一つ上の階層のディレクトリにコピーしていますね。またディレクトリをコピーする際は、以下のオプションを付けます。 $ cp -r hoge…

ディレクトリ内のファイル数をカウントしたいことがありますが、大量のファイルが存在する場合、一つ一つ数えるのはとても面倒です。 そんなときは以下のコマンドを試してください。 $ find ./ -type f | wc -l 25 カレントディレクトリ以下に存在するファイ…

Rのオブジェクトから、特定のキーワードを含む要素だけ抜き出したいときはどうしたらいいでしょうか。ベクトルの場合はgrep()関数が使用できます（grepの仲間にgrepl、regexpr、gregexpr、regexec、検索後に置換を行うsub、gsubがあります）。このgrepは文字…

Linux上でファイルを検索する場合は以下のコマンドを使用します。 $ find /home -name hoge.txt このコマンドでは、/home ディレクトリ以下で hoge.txt を検索します。ファイル名の一部しかわかっていない時は、以下のようにワイルドカードを使用できます。 …

3/28(金)に開かれる、バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるRNA-seq解析、ChIP-seq解析入門」のご案内です。今回の勉強会は、理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの二階堂 愛 先生のご協力をいただい…

Linux上でファイルの一覧を取得する際のコマンドである、「ls」にはいろんなオプションがあります。 例えば、以下のオプションでは、日付や権限も分かるリスト形式でファイルの一覧を取得できます。 $ ls -l ところで、通常の「ls -l」では更新時間の最小単…

以前も書きましたが、大学の卒論テーマがショウジョウバエだったhatです。 最近、ショウジョウバエを扱ったご経験のある先生とお話しする機会があり 「ハエは吸虫管（ストローのような器具）で吸って移動させる」 「エサを作ったり瓶を洗ったりするのも当時…

recursive：再帰的なという英語があります。 再帰というのは説明が難しいのですが、wikipediaによると「あるものについて記述する際に、記述しているものそれ自身への参照が、その記述中にあらわれることをいう」のだそうです。 わかりませんね。 「Aについ…

3月15日(土)に開かれる第30回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 好評につきまして、東京会場でご紹介いたしました「フリーソフトではじめるRNA-seq解析入門」を神戸会場にて開催いたします。 Linux PCでNGS解析（特にRNA-seq）を始めたい方を対…

Linuxのコマンドで $ ls -l というのがあります。このコマンドを実行すると、ファイルとディレクトリの一覧をアルファベット順で取得できます。ですがファイルの更新日時順に並べたい時も結構あります。そんな時には以下のオプションを使ってみましょう！ $ …

アメリエフ株式会社は、2014年3月7日（金）〜9日（日）に東京農業大学で開催される、「第8回日本ゲノム微生物学会年会」に出展いたします。皆さまのご来場をお待ち申し上げます。 ■ 学会名 ・第8回日本ゲノム微生物学会年会 ■ 開催期間 ・2014年3月7日（…

SnpSiftを使うと、VCFにdbSNPや1000Genomesのアノテーションをつけることができます。 （１）アノテーション用のデータを以下からダウンロードして解凍します。 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/00-All.vcf.gz （２）SnpSiftを実行しま…

先々週の日曜、家族と辛いカレーを食べに行きました。カレーはとてもおいしかったのですが、あまりの辛さに大量の汗をかいた後、そのまま外をうろついて体を冷やしたのが悪かったのか、風邪をひいてしまいました。 先週の頭ごろから咳が出るようになり、週の…

沖縄ではジャスミン茶のことをさんぴん茶と呼び、日本茶よりもよく飲まれています。私も幼いころから日常的にさんぴん茶を飲んでいました。食事中、部活中、勉強中に。 最近は東京でも「ジャスミン茶」としてどこにでも売っているので、とても助かります。緊…